MethHC 2.0：泛癌DNA甲基化和基因表达数据库

导语

GUIDE ╲

DNA甲基化是基因表达中重要的表观遗传调控因子，在癌症中发挥重要作用。MethHC提供包括临床病理数据、突变和拷贝数变异、循环肿瘤DNA甲基化谱等数据，用户可以用来癌症比较、诊断、预后、识别潜在的表观遗传生物标志物。

背景介绍

肿瘤特异性的表观遗传修饰对肿瘤的发生和发展产生巨大影响，并可能作为癌症诊断的标志物。虽然先前已经开发了DNA甲基化的数据库，但是仍然缺乏结合了DNA甲基化和基因表达（包括mRNA/microRNA表达）的信息。小编今天为大家带来MethHC——癌症DNA甲基化和基因表达数据库，有助于大家进行生物标志物设计、癌症的比较、诊断、预后和治疗研究、基因集分析、引物设计、基因组甲基化状态、识别新的肿瘤抑制基因和潜在的表观遗传生物标志物等工作。那就让我们一起探索MethHC的功能吧！

数据库介绍

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总览

MethHC 2.0 (http://awi.cuhk.edu.cn/∼MethHC)整合了来自TCGA和 GEO的DNA甲基化数据、基因表达数据和microRNA表达数据，以人类癌症的异常甲基化组为中心，包括27190条Illumina HumanMethylation450 BeadChip DNA甲基化数据，以及22928条33种人类癌症中mRNA/microRNA表达谱或测序数据。

进入web界面，MethHC 2.0主要有以下五个常用功能，包括GENE METHYLATION（基因甲基化）、DIFFERENTIAL METHYLATION（差异甲基化）、METHYLATION CLUSTER（甲基化聚类）、SURVIVAL ANALYSIS（生存分析）、LITERATURE（文献）。

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查询癌症中基因集的甲基化

我们使用GENE METHYLATION模块查询在泛癌中的某个基因或基因集的差异甲基化程度。首先，我们设置查询基因/miRNA和癌症类型。

其次，我们需要选择需要的基因集或想分析的通路中的基因，然后点击submit。

结果包括基因的标识符、区域（例如启动子）、甲基化探针名称、在泛癌与正常样本中甲基化水平的差异。

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批量查询甲基化差异的基因

我们这里以乳腺癌中的miRNA为例，点击提交。

结果包括23个染色体上乳腺癌癌症中甲基化的总览情况，以及Top250差异的基因。

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使用甲基化进行聚类

我们以肾癌、结直肠癌、乳腺癌、肝癌四种癌症为例，通过基因甲基化水平对其聚类。

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生存分析

MethHC 2.0可以对基因或基因集进行生存分析，我们以乳腺癌中P53相关基因集的甲基化对患者预后影响为例，绘制生存分析曲线。

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甲基化相关文献搜索

最后MethHC 2.0还可以准确地查阅已发表的甲基化相关文献，限制条件包括癌症类型、基因、甲基化程度、甲基化区域、组织类型、检测的方式等。

搜索结果去图所示，可以直接通过pubmed进入文献。

小编总结

总之，用户可以通过MethHC 2.0可以比较几种癌症类型、病理分期和癌症之间的甲基化，有无突变或给定基因的不同拷贝数变异，根据基因表达谱确定新的肿瘤抑制基因和潜在的表观遗传生物标志物，有助于我们进行基因集分析和研究课题的设计。