10分钟零代码复现5分+单基因泛癌，快来一起学习吧！

导语

GUIDE ╲

ACE2是新冠病毒的功能受体，并可能在癌症中发挥重要作用。

背景介绍

大家好，我是球球！童鞋们快乐的暑假生活是不是快要结束了呢？有很多童鞋开学又面临着开题、中期、毕业，手里还没有几篇文章，心里慌慌的。今天呢，小编就手把手带大家零代码复现一篇5分的单基因泛癌文章，而且还是纯生信，不需要补实验。文章去年9月发表在Frontiers in Molecular Biosciences，题目是《Prognostic and Immunological Value of Angiotensin-Converting Enzyme 2 in Pan-Cancer》。那么话不多说，直接上主题！

数据库

Oncomine (www.oncomine.org)

PrognoScan (http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)

Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/)

GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)

TIMER (http://cistrome.org/TIMER/)

复现过程

01

Figure 1 | 不同癌症ACE2的表达水平

Figure 1A,使用Oncomine (www.oncomine.org)数据库。左上角搜索ACE2，就可以直接得到结果啦。

第①步

第②步

Figure 1B，打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/)，点击Diff Exp，输入ACE2，就可以得到差异表达的结果。

第①步

第②步

02

Figure 2 | 不同癌症中ACE2表达的生存曲线

打开Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/)，输入基因名，再选择想要分析的癌症和临床特征，点击Draw Kaplan–Meier Plotter，保存为PDF格式就可以啦~

第①步

第②步

第③步

患者的生存情况还可以使用PrognoScan (http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)数据，PrognoScan有很多GEO数据，可以得到cox回归模型计算的HR和P值，就是web界面看上去有一丢丢...

第①步

第②步

Figure 3, Table1 也是同样的道理,大家可以自己用尝试一下！

Table 1

Figure 3

03

Figure 4 | ACE2与免疫细胞的相关性

打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/)，点击Gene选项，选择基因、癌症类型和免疫细胞类型，Submit就可以啦！我们这里以ACE2在肺癌中的免疫相关性为例~

第①步

第②步

04

Table 2 | ACE2与免疫细胞的marker基因的相关性

我们还是使用TIMER数据库，点击Correlation功能，选择癌症类型，输入想探究的基因，这里输入所有marker基因... 选择P value的下载方式，这样就可以得到Table 2的表格啦。

第①步

第②步

第③步

05

GEPIA计算相关性

同时，作者还使用GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)数据库，验证先前TIMER数据库的结论。我们首先打开GEPIA，点击Correlation Analysis，输入想探究相关性的基因（例如免疫检查点）和癌症类型就可以啦！

第①步

第②步

小编总结

那么这篇5分+的纯生信单基因泛癌文章就复现完啦，大家是不是觉得很简单呢，快来自己尝试一下吧！