零基础发文章神器系列二-GSCA数据库

GSCA数据库是由华中科技大学An-Yuan Guo老师实验室开发的。

实验室主要研究领域

实验室主要开发的数据库和工具，实验室链接（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/guo_lab#!/，感兴趣的小伙伴可以去看看！

小编今天给大家分享GSCA数据库的使用。这个数据库主要整合了 TCGA 数据库的mRNA expression, mutation, immune infiltrates，methylation 和 GDSC 的 drug resistance数据。

目前数据库是在GSCALite版本的基础上更新的版本，数据库网址是http://bioinfo.life.hust.edu.cn/GSCA/#/

打开链接就能看到数据库主要分为四个模块

点击左侧button或者底端对应的图形均可进入相应的分析模块

模块1-Expression

点击左侧Expression后出现左中右三个分析板块，将分析内容全部选中如下图所示

随后点击蓝字Example，默认填入18个基因和选中5个癌肿，随后点击submitbutton，出现如下界面

选中每个分析模块的结果button（红框1），点中后左侧是具体的分析结果，右侧是图形化的summary bubble图。例如Differential expression结果中，可以看到左侧是18个基因在5个癌肿中具体的分析结果（红框2），且可以在search搜索框中搜索基因，如果想获取单个基因的结果图，点击粉色区域即可获取。右侧是图形化展示的bubble图（红框3），整体配色还是挺不错的。如果想保存结果图，只需点击右上角红色圈即可保存下载，保存的格式是pdf，方便发文编辑。如果想保存分析的具体结果，点击左侧Export Table即可下载表格。

整体的使用基本就是这样简单易操作，下边对各个模块的结果进行展示。

Expression & Survival

Expression & Stage

Expression & Subtype

Expression & Pathway activity

GSEA

模块2-Immune infiltrates

Immune & Expression

Immune & SNV

Immune & CNV

Immune & Methylation

Immune & GSVA

Immune & Gene set CNV

Immune & Gene set SNV

模块3-Mutation

SNV summary

SNV & Survival

Geneset SNV & Survival

CNV Summary

CNV & Survival

Geneset CNV & Survival

CNV & Expression

Differential Methylation

Methylation & Survival

Methylation & Expression

模块4-Drug sensitivity

GDSC drug sensitivity & Expression

CTRP drug sensitivity & Expression

小结

GSCA数据库整体来说，整合的分析内容较为丰富，能大部分满足分析的需求。此外数据库总分结合，既有单个结果，又有整体的概览图，图的整体配色还比较不错，最重要的是操作简单，保存和导出结果很方便，是个无代码的分析神器了！

不过对于比较个性化的分析就需要向数据库作者去申请数据来做了，毕竟不可能满足所有人的个性化需求的。