如何在NCBI中下载SRA数据？

导语

GUIDE ╲

背景介绍

假设我们现在有一个样本号“IRIS_313-11156”，想下载该样本的所有SRA数据(注意：一个样本的SRA数据可能分不同次run上机)。

目前，在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式：

• 利用Aspera工具下载。
• 利用SRA Toolkit下载。
• 利用wget命令直接下载。

小编的个人经验：第一种Aspera工具在批量下载时偶尔会出错。第二种SRA Toolkit的prefetch命令下载，只能将数据下载到home目录下。关于前两种方法网上有很多详细的介绍，感兴趣的朋友们可以自行搜索，我们今天主要来介绍第三种wget命令的方式，这种方法的关键是找到SRA数据对应的ftp地址。

获取ftp地址

进入NCBI网页后，按如下步骤操作：

• Step1.设置NCBI的分类为:SRA
• Step2.输入感兴趣的样本号：IRIS_313-11156，点击Search,弹出四条item，说明该样本分四次run上级，我们需要全部下载
• Step3.点击右上角的Send to
• Step4.在Choose Destination中选择File
• Step5.在Format输入栏选择RunInfo
• Step6.点击Create File，此刻会生成一个名为SraRunInfo.csv的文件，图中标黄的一列即为不同次run数据的ftp地址。

wget命令

接下来呢，用wget命令下载SRA数据，有两种方式：

下载单次run的sra数据，可以直接用命令,默认下载到当前目录下。其中-c 50 参数是指若下载过程中断，会自动尝试50次继续下载：

wget -c 50 https://sra-downloadb.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run-4/ERR635048/ERR635048.1

若想批量下载这个样本的四个SRA数据，可以将这四个ftp地址整合到一个文件中(如文件名为list.txt)。

利用wget函数，-i 参数给出文件的名字

wget -c 50 -i list.txt

小编总结

如何获取SRA的ftp地址，以及如何批量下载SRA数据你学会了吗？get了这个技能，你就可以原地休息啦！

END