导语
GUIDE ╲
NSCLC (非小细胞肺癌)患者的肿瘤突变负荷相对较高,意味着可能产生更多的新抗原,从而激活机体的免疫系统,产生抗肿瘤的T细胞应答。了解NSCLC患者T细胞特征并与临床结局关联,可以帮助提高免疫治疗的疗效。
背景介绍
T细胞受体中有一段高度可变区域,即CDR3区域,机体内所有的T细胞受体构成了T细胞受体库(T cell repertoire,TCR),我们称其为免疫组库(关于免疫组库介绍)。基于对CDR3区域的靶向测序,可以识别T细胞的克隆以及它们的频率(关于TCR指标链接),借此来判断是否存在抗原反应。
我们今天来介绍一篇2020年发表于NC的文章,全面分析了非小细胞肺癌(NSCLC)的免疫组库。
数据介绍
肺癌患者:236个初治NSCLC患者,每例患者都采集其癌组织样本、癌旁样本、外周血白细胞(PBMC);
慢性阻塞性肺疾病患者:11例无肺癌的慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者;
健康对照样本:24例健康人的肺组织。
采用方法:TCR+WES+免疫组化+转录组
结果解析
1.TCR指标与免疫组化、转录组结果比较
T细胞的Clonality与CD3(T cell),CD8(Cytotoxic T cell),GzmB表达、 INF-r表达正相关,与CD4(Helper T cell)负相关,说明T细胞的clonality可以反映毒性T细胞的活性。
2. 基因组与T细胞活性的关联
NSCLC中,肿瘤中突变负荷越高,T细胞的clonality也增高,说明了体细胞突变可以增强肿瘤的免疫原性。
EGFR突变是NSCLC已知的药物靶点,作者发现EGFR+患者的TMB较低,clonality也很低,相反,EGFR-患者clonality比较高,说明EGFR-更能引起T细胞扩增。
3.TCR与临床病理学之间的联系
a-b图: 肺腺癌T细胞密度和丰富度高于肺鳞癌。
c-d图:T细胞density和richness均与肿瘤大小呈负相关。
e图:吸烟患者的clonality更高。
f图:T细胞的richness越低,复发率越高。
4.TCR在PBMC,癌症,癌旁间的比较
a图:癌症的T density高于癌旁。
b图:PBMC的richness最高,癌症的richness高于癌旁。
c图:癌症的clonality低于癌旁,说明癌旁的抗原反应比癌症更集中。
d图:癌旁 vs COPD vs 健康肺:癌旁和COPD的T cell density都高于健康肺,说明有炎症的存在。
e-f图:在癌旁中,吸烟者和非吸烟者肺的richness最低,而克隆性最高。 癌旁的clonality比COPD和健康肺更高,暗示了其有更多活性T细胞应答,可能与肺癌患者的抗肿瘤监测和/或肿瘤免疫微环境中的促进因子有关。
5.PBMC,癌症,癌旁的TCR overlap
a-c图:PBMC与肺癌组织、与癌旁组织所share的克隆较少,癌组织和癌旁组织的overlap显著更高。
Share的T细胞可能是针对癌症癌旁share的突变或病毒。
a图:只有0.7%(0%至4.5%)的非同义突变在肿瘤和未受累的癌旁组织之间同时存在。
b-c图:尽管在癌旁和癌灶中,病毒TCR比非病毒TCR更多(GLIPH方法),但在Shared组中,病毒TCR比非病毒TCR多得多。说明share的T细胞可能靶向癌症癌旁shared的突变或病毒。
6.TCR与预后
a图:PBMC T cell density越高,有更好的OS
b-c图:癌旁的T cell density和clonality越高,有更好的OS
小编总结
Ref: Reuben, Alexandre, et al. "Comprehensive Tcell repertoire characterization of non-small cell lung cancer." NatureCommunications 11.1 (2020): 1-13.
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