「R」R(Studio)中指定外部软件路径

王诗翔呀

发布于 2022-03-30 08:44:18

6800

发布于 2022-03-30 08:44:18

文章被收录于专栏：优雅R

在安装R kernel时报错：

> IRkernel::installspec()
Error in IRkernel::installspec() : 
  jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127.
In addition: Warning message:
In system2("jupyter", c("kernelspec", "--version"), FALSE, FALSE) :
  error in running command

这种情况是R识别不了外部的$PATH，我们可以通过~/.Rprofile进行修改配置。

在RStudio中运行file.edit("~/.Rprofile")或者手动打开，添加如下内容：

old_path = Sys.getenv("PATH")
Sys.setenv(PATH = paste(old_path, "~/miniconda3/bin/", sep = ":"))

北外镜像近期使用经验整体还是比较稳定的，不妨添加：

options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))

~/.condarc中可以添加：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud