PhosphoSitePlus | 蛋白翻译后修饰综合性预测数据库

之前在 [[翻译后修饰]] 基本内容介绍当中提到了翻译后修饰的几个形式。在介绍完基本的方式之后，那就来介绍一个翻译后修饰预测的综合性数据库：PhosphoSitePlus: https://www.phosphosite.org/homeAction

在 PhosphoSitePlus 当中提供了蛋白磷酸化，乙酰化等翻译后修饰的内容。目前数据库已经更新到 V6.6.04 版本。

背景数据集介绍

PhosphoSitePlus 当中关于翻译后修饰的信息主要来自于具体的实验结果以及高通量测序的预测。经过分析、整理和总结。PhosphoSitePlus 最后总共包括了 57664 个蛋白的 599017 个翻译后修饰位点。其中包括了包括磷酸化、乙酰化等多个翻译后修饰种类。

数据库使用

关于翻译后修饰内容的检索在 PhosphoSitePlus 当中主要包括了两个方式。基于特定的关键词进行检索以及浏览数据库当中的所有数据。

检索

PhosphoSitePlus 在检索当中提供了 1）基于蛋白或者序列检索；2）基于蛋白位点检索以及 3）比较位点检索。

比如我们要查看TP53相关的翻译后修饰的话。那就可以在蛋白名称当中输入想要分析的蛋白即可。

除了基本的输入蛋白名称检索之外，还可以通过蛋白类型、蛋白结构域进行某一类蛋白的检索。这些信息可以点击 Select 选择即可。

点击 Submit 之后，就可以出现关于 P53 蛋白的具体信息了。首先可以看到的是所有 P53 翻译后位点的概括。图中可以看到关于 P53 的蛋白的线性结构，在线性结构上，线性结构上一个点代表一种类型的翻译后修饰信息。同时如果点越高代表这个修饰参考文献个数。

再往下可以看到关于 P53 蛋白的具体基本信息。其中包括这个蛋白的描述，蛋白的种类，蛋白的功能等等

同时还可以看到 P53 的具体修饰位点表格。在表格当中，包括了每个修饰位点具体序列位置以及上游调控的蛋白和下游发生的作用。

除了对于每一个位点的情况，还可以直接查看上游的蛋白汇总和下游的影响汇总

另外，如果要做多物种的实验的话，也可以看翻译后修饰位点的保守性

数据浏览

在数据浏览当中，可以查看疾病、细胞系或者组织方面的所有结果。每个结果当中，可以查看基于每一个方面的具体数据来源。

总的来说

以上就是 PhosphoSitePlus 的主要使用过程。对于翻译后修饰主要修饰类型。在 PhosphoSitePlus 基本都能预测。同时数据库也提供了原始数据下载的过程。可以下载了自己 DIY 结果。