LncACTdb｜ceRNA综合性预测数据库

关于LncRNA的功能。之前我们介绍过很多关于lncRNA的数据库比如：[[AnnoLnc2-一站式lncRNA查询数据库]]这个综合性分析lncRNA基本情况的数据库，或者[[LncPep-lncRNA编码肽检索数据库]]分析lncRNA编码肽的数据库。这次就来介绍一个关于预测lncRNA的ceRNA功能的数据库 (简单来说ceRNA的话，就是lncRNA-miRNA-mRNA三个互相竞争影响的情况)：LncACTdb 3.0 : Home: http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncACTdb/index.html

背景数据集介绍

LncACTdb当中的ceRNA预测的数据主要来自于两个方面。一个是基于之前发表的文献总结的试验性的数据。另外一部分则是基于高通量测序预测的数据。其高通量的结果主要使用还是TCGA以及一部分GEO的数据。利用以上两种数据最终构建了这个数据库

数据库使用

LncACTdb可以直接搜索想要研究的基因，这里可以输入: mRNA、miRNA或者lncRNA。比如我们想要查看关于TP53相关的ceRNA网络。

经过输入就可以看到和TP53有关的信息的汇总，其中就包括：预测的ceRNA结果；具有实验支持的ceRNA结果；和TP53有关的标志物以及TP53的细胞定位结果。

其中在预测结果当中，首先可以看到在各个组织当中预测的TP53 ceRNA的结果图。进一步选择想要研究的组织即可。比如我们想要看乳腺的结果。

点击之后就可以看到具体的ceRNA的表格结果了。

除了基本的表格之外，还可以点击后面查看详细的信息。比如想要查看查看涉及到的lncRNA, miRNA以及TP53预后分析的结果。

除了生存，还可以对查询的基因进行功能分析，泛癌分析等等。

总的来说

以上就是这个数据库主要使用方法了。主要还是用来预测关于ceRNA的一些相互作用。如果要研究lncRNA的话可以用这个数据库来预测一下目标lncRNA的功能