Galaxy Release (v 22.01)，新的颜色选择器

2022年1月3日，Galaxy Project 正式发布了 Release 22.01 的版本；随后的 3 月中，发布该版本的 announcement 文档。这里总结一下该版本一些主要的更新内容，为关注和从事 Galaxy 相关工作的中文用户提供参考。

重点更新

新的颜色选择器

你是否有使用像 Circos 这样需要颜色输入的工具？以前我们有一个限制性的颜色输入，给你一个非常有限的调色板。现在，您有完全自由的选择与现代的颜色选择器。 视频演示：http://mpvideo.qpic.cn/0bc3zyaciaaataalicrrjbrfbtwdethaajaa.f10003.mp4?

改进的文件导出

如果你最近一直在从 Galaxy 系统导出文件，你可能已经看到了令人惊奇的新的远程文件源导出（Galaxy 在 Sent Data 的工具集中增加了一个 Export datasets to remote files source 的新工具），它允许你导出文件到 FTP、 Dropbox 和其他位置。 视频演示：http://mpvideo.qpic.cn/0bc3buacyaaaceal3zbrcnrfadodfqgqalaa.f10002.mp4?

改进的文件上传

之前，Galaxy 服务器使用了多种方法来让你轻松上传大文件，包括一些需要 FTP 才能上传大文件的服务器。现在我们已经用一个新的上传方法取代了这个方法，这个方法将很快在所有的 Galaxy 公众服务器上启用。这将使文件上传更加流畅，并且对网络故障和中断更加宽容！作为用户不需要做任何更改。更多信息请参见 Pull Request 12656。

测试版历史: 改进的数据集合

如果您一直在尝试 beta 历史记录(这将是下一个版本的默认历史记录！)，它已经更新，以指示 collections 集合是同类的（homogeneous）还是异类的（heterogeneous）。如果您不小心包含了一个不正确的数据集，这将帮助您更容易地看出来。

Galaxy 默认以 FastAPI 应用程序进行启动

通过run.sh启动 Galaxy 将使用新的 gravity process manager。新的配置使用了 gunicorn 和 FastAPI 来驱动 Galaxy 的 web 进程，并自动启动作业处理程序和 Celery 进程。更多的细节和说明请参考 Migrating to Gunicorn documentation。(Pull Request 13224)。

用户首选项可以在 Galaxy Vault 中加密

Galaxy 系统现在可以配置为在外部保险库中存储秘密，这对于秘密管理的安全处理和集中化非常有用。特别是，可以将用户配置文件”管理信息”部分的信息字段，如下拉框键，配置为在保险库 （Hashicorp、 Custos 或数据库）静止时加密，而不是在用户首选项表中以纯文本形式存储。有关配置的详细信息，请参阅管理文档的 vault section 部分。(Pull Request 12940)。

可通过 tus.io 进行可恢复性上传

Resumable uploads via tus.io, improved upload provenance.

Galaxy 现在支持通过 tus 协议进行分块（chunked）和可恢复（resumable）的上传。与目前基于 nginx 的解决方案相比，这种方法更高效，更易于设置。有关详细的配置说明，请参阅文档。Galaxy 现在显示上传过程中执行的所有操作，比如换行转换、将空格转换为标签或数据集梳理。(Pull Request 12656，Pull Request 12861，Pull Request 13313，Pull Request 12912)。

新的可视化

感谢 @neoformit，一个新的 R shiny 应用程序 "iSEE" 已经被添加，它提供了一个用户界面来可视化单细胞 RNA 数据集。更多信息请参见 Pull Request 12650。

弃用公告

PostgreSQL 9.x 现在是 EOL（End of Life），不再被支持。请升级到 PostgreSQL 10 或更高版本。Python 3.6 正式成为 EOL，Galaxy 不再测试或维护兼容性。这个版本将是最后一个可以在 Paste 或 uWSGI 下运行的 Galaxy 版本。请参考 Migrating to Gunicorn documentation 文件中的如何升级说明。

配置变更

增加的配置

以下配置选项是新的。

config/galaxy.yml.sample:galaxy

• mapping.galaxy.mapping.enable_tool_source_display
• mapping.galaxy.mapping.galaxy_url_prefix
• mapping.galaxy.mapping.load_tool_shed_datatypes
• mapping.galaxy.mapping.max_discovered_files
• mapping.galaxy.mapping.maximum_upload_file_size
• mapping.galaxy.mapping.tool_evaluation_strategy
• mapping.galaxy.mapping.tus_upload_store
• mapping.galaxy.mapping.vault_config_file

变更的配置

下列配置选项已更改。

config/galaxy.yml.sample:galaxy

• mapping.reports.mapping.file_path.default 已经从：

database/files

变更为：

database/objects

移除的配置

下列配置选项已被完全删除（have been completely removed）。

config/galaxy.yml.sample:galaxy

• mapping.galaxy.mapping.check_migrate_tools
• mapping.galaxy.mapping.enable_openid
• mapping.galaxy.mapping.force_beta_workflow_scheduled_for_collections
• mapping.galaxy.mapping.force_beta_workflow_scheduled_min_steps
• mapping.galaxy.mapping.openid_consumer_cache_path

内置工具更新

• 新的交互式工具 - iSEE (thanks to @neoformit). Pull Request 12650
• 忽略未使用函数中的类型 Pull Request 12694
• Merge 21.09 -> dev Pull Request 12747
• 设置 ncbi_datasets 的配置文件版本，以便它可以运行容器化 Pull Request 12819
• 降级 bowtie 的 CONVERTER_fasta_to_bowtie_color_index 需求 (thanks to @nsoranzo). Pull Request 12851
• 修复容器化的 NCBI Datasets Genomes 数据源工具 Pull Request 12915
• Tighten type ignores (thanks to @common-workflow-lab). Pull Request 12965
• 更新 interactivetool_pyiron.xml (thanks to @gmauro). Pull Request 12990
• 不要使用三引号字符串作为注释 (thanks to @nsoranzo). Pull Request 13007
• 将 parquet 添加到 csv 数据类型转换器 Pull Request 13078
• 删除工具迁移脚本和相关代码 Pull Request 13099
• Allow any format in export tool (thanks to @astrovsky01). Pull Request 13151
• Add dynamic step to FormNumber range slider (thanks to @davelopez). Pull Request 13233
• FormNumber: 在 slider 滑块更改时通知值更改 (thanks to @davelopez). Pull Request 13260
• 增加 bioconductor 作为工具的有效 xref (thanks to @bgruening). Pull Request 13268

新数据类型

• Add datatype iml_dataset subclassing html (感谢 @knutwa-ext). Pull Request 12099
• Create sniffer for GRO file type (感谢 @simonbray). Pull Request 12885
• Agp datatype Pull Request 12891
• 增加 ludwig 模型数据类型 (感谢 @qiagu). Pull Request 13073
• 增加 ampvis2 数据类型 (感谢 @bernt-matthias). Pull Request 13083
• 增加 Neper 和 Gmsh 数据类型 (感谢 @jj-umn). Pull Request 13087
• 增加新数据类型 GRIB (感谢 @annefou). Pull Request 13175
• 在预览中显示 yaml 文件 Pull Request 13176
• 启用展示没有序列信息的 BAM 数据 (感谢 @wm75). Pull Request 13219
• 增加 gz 作为数据类型 (感谢 @astrovsky01). Pull Request 13271
• 增加 phyloseq 数据类型 (感谢 @bernt-matthias). Pull Request 13462

发布测试团队

特别感谢发布测试团队测试了许多新特性并报告了许多错误：

• Keith Suderman
• Delphine Lariviere
• Jennifer Hillman-Jackson
• Natalie Kucher
• Jennifer Hillman-Jackson
• Alex Ostrovsky
• Enis Afgan
• Jennifer Hillman-Jackson
• Alex Ostrovsky
• Enis Afgan

发行说明

请参阅完整的发行说明（full release notes）了解更多细节。

要了解 Galaxy 的最新进展，请观看我们的视频，访问我们的社区中心，并在 Twitter 上关注 @galaxyproject 项目。

您可以随时通过 Gitter 或 IRC 与我们联系。

感谢使用 Galaxy！

参考资料

• January 2022 Galaxy Release (v 22.01) - User release announcement
• January 2022 Galaxy Release (v 22.01) - Developer and admin release announcement.
• Github Issues 12835 - Publication of Galaxy Release v 22.01