R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择,可以参考如下链接https://r-charts.com/color-palettes/
image.png
image.png
image.png
这里分别提供了连续型数据和离散型数据的配色,应该能够满足我们日常的科研作图需求了。
其中有一个R包的名字是colorBlindness
,提供了一些色盲患者也能够分辨的安全配色
通过函数help(package="colorBlindness")
查看帮助文档,发现还有好多提供色盲患者也能识别的配色的R包
image.png
推文开头提到的链接中的颜色如果在ggplot2作图的时候想要使用的话需要安装R包
paletteer
,需要用到的函数是scale_color_paletteer_d()
或者scale_fill_paletteer_c()
参考链接 https://www.r-graph-gallery.com/79-levelplot-with-ggplot2.html
library(ggplot2)
# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, 0, 5)
# Heatmap
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) +
geom_tile()
image.png
这里用到的fill填充颜色,连续型数值映射颜色,所以自定义的配色是用函数scale_fill_paletteer_c()
library(ggplot2)
library(paletteer)
# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, 0, 5)
# Heatmap
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) +
geom_tile()+
scale_fill_paletteer_c(palette="grDevices::PRGn")
image.png
image.png