以热图为例,介绍下各个工具页面的组成部分。
第一部分是轮播图,展现每个工具能产生的代表性图、示例数据和参数;给定符合格式的数据、设置指定的参数,即可获得右侧的可视化结果。
第二部分是引用信息。BIC
目前还是 Beta
版,尚未发表,其前身 ImageGP 已发表到 iMeta (https://doi.org/10.1002/imt2.5) 杂志,使用后请引用,支持工具的进一步发展。
第三部分是 Demo 按钮。通常 Demo 按钮的数目和顺序是跟轮播图一致的,点击 Demo 按钮后,会填入相应的数据、选择相应的参数,直接点击提交就可以获得可视化结果。
第四部分是 Input data参数。支持直接粘贴矩阵到对应的文本框 (不需要注册)或先注册后上传文件再选择已上传的文件 (适合数据比较大,直接粘贴进来会把浏览器卡住的情形;或者多个工具都会用到的数据,上传一次多次使用)。
第五部分是 更多参数如 Cluster parameters, Data preprocess, Layout等。每个手风琴里面有更多参数可以设置,如果该手风琴里面有必选参数,通常是打开的;如果没有必选参数,默认是收起的。工具为了灵活性供更多人使用,参数比较多,但不是每次分析都会用到这么多参数,常用的只有少部分。
第六部分是 Submit,提交。等待出结果。
第七部分是结果显示,PNG 图,PDF 图,绘图脚本,其它辅助数据。单纯可视化的工具显示简单,分析的工具显示复杂。
Check data
之前,所有下方参数都不可用。需要先确保数据格式无误、Check data
通过后,才可以选择更多参数。Check data
后,也会存在部分参数不可用的情况。这是因为参数之间存在着级联控制。如热图聚类,如果没有选要做聚类、则聚类方法、距离计算方法不可选,选了也没用。看到一个参数不可用,如果不知道是做啥的或用不到,就可以大胆的忽略。如果想用,却发现用不了,就要找下其相关参数有没有设置。数据格式效验主要包括几个内容:
TAB
键。检测不通过的都会给出提示,请仔细阅读提示信息,改正数据后再提交。