单细胞专栏-R包安装之Seurat的爱恨情仇

在进行单细胞的数据分析之前，相信每个小伙伴都经历过在Linux服务器或者自己本地化的电脑上装包到抓狂的过程，我就是其中的一个。

我在4月的时候开心的拿到我下游的R语言的数据，准备认真的做几次的复现，然后直接走下面大家的单细胞分析流程，但是我4月初卡在了装包上，通过一个一个手动的添加所需要的依赖库还有缺少的R包，终于历时了2-3d装好了，但是我4月30号手欠的听从了R的指示，说要安装limma去做后面的亚群差异分析的时候，我的服务器的后台装东西的时候又把我的Seurat挤掉了，我又开始在服务器当中不断去添加依赖库的过程。

首先是R语言版本的升级

我在尝试了对R4.0版本的安装Seurat后，发现我的编译路径一直在报错，因为我们的服务器目前是有两个R语言的版本，一个低版本的，一个是4.0以上的，所以有的时候如果没有将路径给全，有的时候编译的就不对，我一直以为是这样，所以我果断下了4.2的R版本，将环境变量给到4.2，但是发现我的g++编译不过去了，一直在报这个错，因为我以前也是有这个报错，以为还是前面的依赖库的问题，百度了一下，发现不是，是我们的g++版本太低了，而且环境变量没有给予到位，导致不能进行C99的模式。

针对这个报错我是参考的这个博主的文章（https://cloud.tencent.com/developer/article/1937953）

//在root用户下安装
yum install centos-release-scl
yum install devtoolset-9

因为我前面装过devtoolset-9，只是对其中一些需要更新的包进行了更新。

博主推荐的是代码建一个.R的文件夹，我是直接在WINSCP中建了这个文件夹，建了Makevars文件，将以下的代码添加上去并保存，我们需要自己看一下自己安装的是不是在相关的文件夹下面，如果没有还需要whereis一下。

// 
CXX11=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++11 -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++ -std=c++14 -fPIC

接下来就是跳转到R下面，进行install.packages("Seurat"),目前现在看我的g++编译是没有问题的，后面有可能还有一些包不太对，需要补相关的依赖库。

21个warnings。。。

对编译环境进行调试后，得到了21个警告，比昨天的50个警告少了很多了，照以往的经验来看，只要解决一些依赖库的问题，基本可以保证后面的一些警告是在安装包的时候自己装好的。

接下来开始对每个缺少的包进行安装。

首先是stringi包

// 输入最传统的install.packages的方法
install.packages("stringi")

图片.png

相比于昨天也是成功的装了stringi包，如果是后台缺少相关的环境条件，可以参考这篇文章，来进行依赖库的补齐（https://stringi.gagolewski.com/install.html）

// rgeos包安装
install.packages("rgeos")

图片.png

安装后出现了这个报错，百度是说找不到共载对象，其实最主要的报错原因是找不到geos的库，所以我们重新尝试安装一下geos的库，主要学习的安装方法是这篇文章（https://blog.csdn.net/weixin_30588907/article/details/95281468），主要我已经连续两天是这个报错，装不上这个包，发现这个包需要一个依赖库，所以查看服务器上的geos，发现是前几天的时候编译不过去，所以没有lib这个文件夹，导致找不到，不能连接。但是我发现不能配置太高的版本，否则就会编译不出来lib的文件夹，怀疑是服务器的问题导致的。