NCBI Refseq有重要更新！

地址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse

主页示意：

FTP一栏中的G为Genebank下载链接，R为Refseq下载链接，下载这个表即可得基因组链接列表：

或者我们也可以直接进入Refseq的FTP：

地址：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/

页面示意：

下载assembly_summary_refseq.txt文件来查看所有基因组下载链接，我们可以在自己的服务器中使用wget循环下载这些基因组。

就在2020年3月上旬，Refseq原核生物的Representative基因组还只有5000多个，然而上周五我发现Representative基因组已经翻了一番，达到了11000多个：

可以看到现有数据大多数分布于细菌三大group：Proteobacteria、Terrabacteria group和FCB group，普通水土环境里面最常见的微生物也是这三大类。所有taxonomy代表基因组都有所增加，尤其是Terrabacteria，例如蓝藻之前只有4个代表基因组，而现在增加到150个。

这次大增可能是近几年广泛研究的结果，很多谱系可知性增加，生命之树愈加完善，随后很多基于Refseq代表基因组的生信工具也可能更新。想要使用最新数据库的朋友们可以提前下载准备啦！

END