单细胞-SeuratR包安装第二弹安装完成

昨天是把能编译好的g++环境和stringi安装上了，也跟了那个帖子，但是发现rgeos还是装不上，请教了师兄，师兄说我的R是用的Conda装的，所以后面装包的话尽量用conda装，这样可以减少后面环境编译引起的问题。

conda的error

因此先尝试用conda安装rgeos。

// To install this package with conda run one of the following:
conda install -c conda-forge r-rgeos
conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-rgeos
conda install -c conda-forge/label/cf201901 r-rgeos
conda install -c conda-forge/label/cf202003 r-rgeos 

这是我在官网上看到的安装方式，我选择了第一个。

报错的意思是我这个用户对下面的cache文件没有权限，因此我先尝试了第一个推荐的方法。

sudo chown 1000:1000 /home/syh/ENTER/pkgs/cache/d43cfefc.json

由于我的用户权限，没有办法对root文件进行sudo编译。因此选择尝试第二种方法。

sudo conda install -c conda-forge r-rgeos

发现是相同的报错，因此我换到了root权限下面，这里需要强调一下，我们是自己的小服务器，目前只有我和师兄用，所以我可以换到root权限下面去安装一些东西，如果是学校的超算或者外面租的各种云，可以尝试联系工程师进行解决相关的问题。

依然用的是conda install -c conda-forge r-rgeos进行安装，同样是出现了报错。

这里报错的意思是我们的镜像设置的是有问题的，连不上清华的镜像，导致找不到这个url。

首先我把https改成了http，还是报错，因此我感觉应该不是什么公开链接源的问题。

因此我尝试去了清华镜像源的网站，发现conda-forge目录进不去了。

因此先查看了root下面的conda的链接源。

先把所有的镜像删去。

conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

在尝试了在清华源上添加了可以用的镜像，还是报上面的错。

我觉得有可能是清华的镜像源过于拥挤了，我挤不进去了，更换上海的镜像源尝试一下。

我参照这篇推文（https://cloud.tencent.com/developer/article/1949636），更改成了上海交通的镜像源，还是同样的报错。

因此我感觉还是我没配置好conda的文件的原因

通过vi ~/.condarc，查看配置文件，确实配置的文件比推文的博主少很多，所以将下面清华源的内容全部复制过去。

channels:
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

跟的是这个博主的文章进行配置（https://blog.csdn.net/qq_31878083/article/details/122069771）。目前是源的问题已经配置好了。

conda的镜像源配置好后，安装内容冲突

百度后发现是因为发现以下规范存在冲突，因此我又回退到了官网上推荐的安装方法，在install后面加上了-c conda-forge。

conda install -c conda-forge r-rgeos

目前是没有问题，在等待着看看一会有没有报错。

图片.png

图片.png

等待了半个小时后，成功安装了rgeos。同时将geos-3.10.2 也安装好了，这个时候感觉conda yyds。

但是进入R后，library(rgeos)还是没有，因此我还是在R的环境下安装了rgeos，发现成功的安装了rgeos。

图片.png

R环境下面的seurat的安装

install.packages("Seurat)

图片.png

发现还是有3个warning，因此开始手动安装缺少这两个包。

手动安装第一个包后发现有可能还是编译的环境出现了问题，因此我还是选择用conda进行安装。

conda install -c conda-forge r-rcppannoy

解决到这里，我在想我为什么没有一开始直接conda安装seurat呢，感觉这样直接能越过这些问题，节省不少时间吧，/(ㄒoㄒ)/~~。

又等了半个小时，安装包装完了。

图片.png

同样的问题，library(RcppAnnoy)也是没有，我就开始怀疑为什么都conda下来了，还是没有这个包。

我突然想起来我以前的R本地化装的，但是后来下东西的时候用的conda，怀疑是环境变量有问题，因为前段时间做分析 的时候是在R的4.1的版本下面分析的，但是系统上只有4.0和4.2版本的，因此我到个人目录下面去查看了conda，发现确实是有R的，加入环境变量后是4.1.3的版本，随后安装seurat，目前是终于安装成功了。

图片.png

总结

以后在安装的时候应该清楚自己的安装路径，否则就像一周前的我一样，一遍又一遍的补，但是其实服务器上都有这些东西，只不过自己以为没有，开始了一层又一层的嵌套，浪费了自己的时间。所以又能愉快的做后面的个性化处理啦。

但是现在我也知道为什么了，安装结束，撒花★,°:.☆(￣▽￣)/$:.°★ 。