超量化合物库筛选策略–P2

上期回顾：

超量化合物库筛选策略–P1

具体步骤：

1. 文档结构

注：还没有上传到Github，目前只是我本地的暂时性文件结构，一切以最终完成上传到Github的地址为准

├── Codebase #相关代码 
├── Database #所用数据库文件
├── Workflow #工作流程
├── 参考资料 #辅助文献
└── 超量化合物库筛选策略.md #本文

2. 获取BuildingBlock库

从Enamine官方网站下载：https://enamine.net/building-blocks/functional-classes

注：

• 也可以自己构建，或者获取其余厂家的反应片段库,比如说ZINC以及Life Chemical
• 需要注意的是在构建自己的building block时，需要自己确定每个片段库的反应基团，比如说羧酸基团反应库，仲胺反应库等等。

获取building block，是为了建立模型，总体有两种反应模式：

• 模式I：

• 模式II：

案例：

使用模式I，如果使用模式II，空间会增大，不过思路和模式I差不多

潜在的化学反应可能有：

以上述描述的6个反应物质为例

• 可能有6∗6=36种潜在组合
• 汇合出的总潜在化学分子数目为：5,607,510,852，总计数目为：50亿左右
• 上述只是理论空间，我们目前还需要一个反应库来查看这些描述是否正确，毕竟不是每个反应都可以发生。

参考：

[1] https://enamine.net/

[2] Grygorenko O O , Radchenko D S , Dziuba I , et al. Generating Multibillion Chemical Space of Readily Accessible Screening Compounds[J]. iScience, 2020, 23(11):101681.