eccDNAdb｜肿瘤染色体外环状DNA数据库

染色体外环状DNA（eccDNA）属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征，我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库，目前一共也才有两个在线数据库。之前我们介绍了[[CircleBase-eccDNAs综合性分析数据库]]。今天就来介绍另外一个数据库：eccDNAdb: http://www.eccdnadb.org/

背景数据集介绍

eccDNAdb利用公开的WGS以及之前发表的一些文献。一共收集了1270个eccDNAs。1270个eccDNA当中包括了54901个基因。对于收集到的这些eccDNA-gene。作者又使用了[[CCLE-肿瘤细胞系百科全书 v2.0-数据下载]]以及TCGA数据库对eccDNA-gene在肿瘤当中的特征进行了分析。

数据库使用

eccDNAdb提供了三个功能：1. 浏览数据库当中的作用功能；2. 基于eccDNA/Gene/Cancer/Tissue/Sample Type来检索指定的结果；3. 基于ATAC-seq的数据观察eccDNA和染色体可及性的关系。

其中在检索功能当中，我们在输入想要检索的内容之后。首先可以看到包含这个内容的所有eccDNA。

点击具体的eccDNA。首先可以看到关于这个eccDNA的具体信息。其中包括eccDNA的主组成片段，检测的具体肿瘤类型。

再往下可以看到在这个eccDNA当中包括的所有基因。

另外，由于eccDNA上的基因并不是新产生的基因，所以对于同样也可以分析这些基因在TCGA/CCLE当中的基本表达情况。

在进行分析之前，首先需要选择想要分析的基因。点击gene list当中的基因就可以进行选择。

选择之后就可以观察基因在TCGA/CCLE当中的作用。主要的分析包括观察基因表达水平在肿瘤的分布；癌和正常的差异；和预后的关系以及在[[STRING-蛋白相互作用数据库使用]]数据库当中蛋白相互作用的关系。

除了可以观察eccDNA当中的基因和肿瘤的关系之外。基于检测到的eccDNA片段以及TCGA的ATAC-seq。我们还可以观察eccDNA和染色质可及性的关系

ATAC的数据库可见：[[ATACdb-人类染色质开放状态数据库]]。同样的关于基因浏览器如果看不懂可以查看：[[UCSC Genome Browser-基因浏览器]]

总的来说

以上就是eccDNAdb的主要使用方法。和[[CircleBase-eccDNAs综合性分析数据库]]相比较。这个更多的用来分析检测到的eccDNA-gene和肿瘤的表达/预后等关系。而CircleBase则主要用来分析eccDNA主要的调控功能。