开源LIMS系统miso LIMS（适用于NGS基因测序）

用户1637609

发布于 2022-05-23 11:22:04

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发布于 2022-05-23 11:22:04

文章被收录于专栏：马洪彪

开源地址

https://github.com/miso-lims/miso-lims github加速可使用：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims

项目简介

适用于NGS基因测序医院检验实验室，当前大量的新冠核酸检测机构，倒是可以试一试。开源协议是GPL3.0。 MISO是Managing Information for Sequencing Operations的缩写，是适用于基因测试实验室的LIMS。由 Earlham Institute 和 Ontario Institute for Cancer Research发布。 Earlham Institute 2010年开发，然后开源，然后OICR选择其作为自己的LIMS，并参与到开发团队中，系统提供的DEMO等也是基于OICR LIMS项目。

技术架构

后端服务使用Java，Groovy（使用JVM虚拟机的动态语言，项目中用于公式脚本的编写等配置性功能的实现）。使用spring，并没有使用springboot，部署war包可使用Tomcat 8等中间件部署。（Tomcat8以上版本的兼容性需要测试验证调整）前端使用js\css，未使用vue、react等现代前端技术。数据库使用mysql 5.7及以上。(5.7以上版本的兼容性需要测试验证调整）

安装部署

可以使用docker部署，或使用传统的Tomcat中间件部署。 docker镜像下载地址：https://hub.docker.com/u/misolims war包下载地址：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims/releases 尝鲜可先下载官方docker镜像跑个容器看看，深入学习还是要下载war包并部署，最终如果部署自己的环境，可打war包或做docker镜像。安装、编译向导：https://miso-lims.readthedocs.io/projects/docs/en/latest/admin/installation-guide/

系统概述

两个功能模式：Plain sample mode （简单样品模式）和Detailed sample mode（详细样品模式），detailed模式包含了plain模式。默认账号信息：admin\admin。简单样品模式用户手册：https://miso-lims.github.io/walkthroughs/index-plain 详细样品模式用户手册：https://miso-lims.github.io/walkthroughs/ demo演示、学习（按习惯称作miso学院\味噌学院）：https://github.com/miso-lims/walkthroughs https://oicr.on.ca/该癌症研究机构为学习案例，培训资料（training workshop）链接地址： https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-training-external。

开发或用户可加入讨论组（当然得英文讨论），https://gitter.im/miso-lims/community

关键组件

仪器数据采集（仪器报告文件数据采集）

https://github.com/miso-lims/runscanner https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/runscanner 同多数lims系统解决方案一致，部分仪器（例如Illumina、PACBIO、OXFORDNANOPORE）的数据采集方式是通过采集仪器输出的数据报告文件，然后解析其中的内容，间接达到采集仪器数据的目的。使用JDK11和Tomcat8、9，jsoncpp和c++。该仪器数据采集服务做得很完善，不同于其他lims组件或一个Windows服务、简单应用程序，其实现为一个web系统，做数据文件的采集、解析，以及过程的监控。监控使用 Prometheus，现在服务器、数据库等的监控使用 Prometheus很不错。