tablet以及bandage评估

背景

之前介绍了quast和bosco评估软件，今天带来的是两款可视化拼接的序列的软件，均在windows下运行，得到输入文件即可操作，linux下图形化界面好像也有更新好的，自行探索。

1.tablet 可视化

利用 tablet 可视化检查基因组每个位点覆盖度情况。将测序属于与拼接好的基因组直接进行 bwa 比对。查看每个位点的覆盖情况。通过 tablet 进行可视化扫描。

#与拼接结果比对
bwa-mem2 index spades.fa
bwa-mem2 mem -t 12
spades.fa ../data/clean.1.fq.gz ../data/clean.2.fq.gz >spades.sam
#samtools 处理比对结果
samtools sort -@ 12 -o spades.sorted.bam spades.sam
samtools index spades.sorted.bam
#对 spades.fa 建立索引
samtools faidx spades.fa
#tablet 可视化
mkdir tablet
mv spades.fa spades.fa.fai spades.sorted.bam spades.sorted.bam.bai tablet

将4个文件（其中两个是索引）拷贝至 windows 下使用 tablet 可视化。

2.Bandage 可视化

Bandage (a Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily)，是一款用于交互式可视化基因组组装图的软件。可以直接使用例如 Velvet, SPAdes, Trinity和 MEGAHIT)的输出结果，gfa 格式。通过 bandage 可以直接查看有问题的连接区域，改善基因组拼接效果。

Bandage 可以直接进行缩放和平移图形，自定义可视化，搜索序列，提取序列等等操作。

网址：https://rrwick.github.io/Bandage/

使用说明：https://github.com/rrwick/Bandage/wiki

使用spades拼接结果中的fastg和gfa文件导入软件均可以。

写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。

bioinfoer.com

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