R包更新过程中readr和cli不匹配

下面是学员解决问题的记录

(生信技能树学员 )

自我介绍：我是一名儿科医生。硕士毕业工作已有十年的时候，在职博士还没有毕业方向，觉得生信学习或许是一个新的出口，于是跟随生信技能树的马拉松课程学习了数据挖掘，也学习了一些Linux的基础知识。一边忙碌的临床工作，一边挤时间学习这从未接触过的领域，到如今刚好一年，结合部分临床实验数据、数据挖掘生物信息分析等内容，终于完成了毕业论文的撰写。目前博士论文刚刚通过盲审评阅，等待着毕业收尾工作。非常感谢生信技能树的各位老师。

💡当你开始学习生信时，一定会遇到各种报错，作为一名生信小白，如果你从未遇到过报错，说明你从还不曾开展过R或者Linux等等的实践演练。

先不说更加复杂的Linux上游分析，单说从R包安装到R语言作图，到GEO、TCGA等数据库数据下载分析，我们随时随处都可能遇到报错。如果你又是个粗枝大叶的，那你就等着被无数的报错纠缠吧。

小洁老师说warning是不用管的，因为虽然R警告了你，可是它的程序还在继续跑，但是遇到报错(Error)，那我们肯定得解决它，不然我们的工作就无法进行下去。

当然你运行代码报错了，不代表代码错了。你敲代码的手，你检查代码的眼睛都可能出错。下面这行大字是套用小洁老师上课的话，所以报错了先排查一下是不是自己粗心的结果，然后再进行下一步，去寻求解决报错的方法。

解决报错的方法

举个例子

这个报错困惑了我一个月，一个月前我还很开心地使用小洁老师的pipelines下载分析GEO芯片数据，4月初突然就出现了一个从没有出现的报错。

从未见过的错误让我下一步动作不得不停下来，我也先试着搜一搜找一找，可惜不是特别理解这个报错，也没有找到满意的答案。

于是我在数据挖掘的群里求助了，Nickier老师说我的报错信息有点诡异（Error in appvspace(new_style`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function），说看起来是我的R包函数冲突了，主要是read_csv惹得祸。他当时就给我发了github的链接，还说很多人提了issue。

我当时脑子一定是秀逗了，居然没有看完链接内容，就开始瞎捣鼓了一通，更新readr等，竟然还是没有解决问题。虽然不能直接生成dataframe，但是压缩文件还是能完整下载的，我就增加了点工作量继续后续分析。

半个月后我突然又想起这个问题，不甘心地去国际版必应搜了搜，第一个跳出的就是当时助教老师发我的githup的链接，我再仔细读了读，有人认为R包更新过程中readr和cli不匹配，有人建议MRAN，cli，readr都更新到最新就可以了，有人认为更新了旧版本的R就解决了问题。而我的R和readr都是新版本，那我就去更新重装了cli，果然不再报错。

是不是很简单？可是就这么简单的一个报错折腾了我好久，如果我一开始就知道去搜国际版的必应，或者我会应用github，或者我当时就认真读Nickier老师发我的链接，我是不是就不会继续迷惑半个月？

如果你遇到报错也做了各种尝试各种努力，确实解决不了，可以求助专业的老师，譬如我们生信学习群里的大神们，但是提问也是有技巧的。

你运行了什么样的代码，报了什么样的错误，学会清晰地截图，学会把你报错的语境环境搞清楚，因为答疑是一件费心费力却无偿的事情。

如果你拿着分析GEO array的代码去下载分析高通量测序数据而出现报错，无法下载，老师还怎么有心情给你答疑呢？

归根结底还是要练好基本功，英语也要加油学一学，这样才能更好地理解报错内容，更容易搜索并找到答案。

总结

学习的过程就是提出问题解决问题的过程。学习的目的是为了应用，生物信息学技术是用来为我们服务的，所以要让它更加简洁好用，要化繁为简，而不是简单事情复杂化。

解决报错是我们生信学习中非常关键的一步，希望我们这些生信小白再遇到报错都能轻松解决。