动动手指的单细胞分析手动选点小工具：xSelectCells

在做单细胞分析的时候，时不时会遇到这样的情况：想知道这几个在图上看着很特别的点是哪几个细胞，或是一些可见的小subcluster想要直接标记出来。大多数时候还是有各种各样的解决方法的，包括Seurat自带的一些interactive功能，不过还稍稍不那么趁手（可能是我用得太少哈哈）。

最近恰好看到群友们提到类似的需求，手动从降维图上选出目标细胞来做后续分析，那刚好呀，shiny我熟，类似的功能以前实现过，趁着周末不如赶紧包包做起来嘿嘿🤔

产物就是这里要介绍的这个小小包，github地址：

https://github.com/vikkki/xSelectCells

话不多说先开始：

安装

安装这个小工具之前可以先安装shiny，ploty 以及dplyr， 当然还有Seurat啦。

devtools::install_github('vikkki/xSelectCells')

使用

使用也非常简单，目前就一个函数。需要注意的是作为input的seurat对象需要有umap，以及umap的key需要是 UMAP_。不过一般RunUMAP之后key就已经符合需要了。

xSelectCells::xSelectCells(seurat_obj)
# 或者
barcodes <- xSelectCells::xSelectCells(seurat_obj)

界面如图

如果看不到下面的按钮和信息栏建议把右下窗口拉大一点，或者在浏览器打开（viewer section 上边 show in new window）：

xs界面

细胞信息：

xs信息

细胞下载：

选好之后点下载，这时候不会关闭shiny，保存后可以继续选择新的一组细胞。

xs下载

由于xSelectCells()函数会在最终结束shinyApp session的时候返回最后选定的细胞barcodes，所以可以直接点击确认按钮退出选择界面并返回barcode列表：

Listening on http://127.0.0.1:3269
> barcodes
 [1] "GTAGCTAAGTATTGCC-7"  "AGGTGTTCATGGAATA-7"  "TTACCGCAGAGCAACC-10" "GCTTTCGAGGCAGGTT-1" 
 [5] "ATGCATGCACAAATCC-4"  "ACAACCAGTTACGGAG-5"  "CTTCTCTAGGCGATAC-5"  "GAGACTTTCACTGCTC-5" 
···

下游

拿到barcode列表之后，可以做的事情就有很多了，简单的比如将这些细胞从原来的对象里分出成新的对象：

seurat_obj_sub <- subset(seurat_obj, cells = barcodes)

或者在Dimplot里高光一波：

DimPlot(seurat_obj, cells.highlight = c(barcode))

以及重新命名，生成对应metadata等等。相信大家在分析的过程中肯定有更妙的应用。

包的后续

其实从产生想法到构建完成，如此小的包所花的时间意外也有好几天，这期间困扰我最久的（可能有90%的时间）就是shinyApp在作为包的时候的输入输出以及命名空间和环境问题，期间差点弃坑。不过幸好去看了Seurat的源码，才磕磕绊绊完成个这个小小工具。单细胞这么火，其实大佬们的工具真的很强，群友中的大佬也有无数好用的工具和代码。可能xSelectCells的最大意义是练习（笑），但是如果它稍微帮到你一点点，那真的太好了😆

目前我正在加入根据spatial plot圈点的功能，以及对于不同slot和reduction的支持，在此大力欢迎各种建议！