四年前我们的全国巡讲广州站的学员找到了我,说希望可以系统性出一个单细胞多组学线上培训视频课程,尤其是空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库:
四年前我们的全国巡讲广州站的学员找到了我
确实,我们虽然有一个专注于单细胞数据处理技术分享的公众号:《单细胞天地》,但确实是一直专注于常规的单细胞转录组数据分析,无非是降维聚类分群,以及不同分组看细胞亚群比例差异或者表达量差异。上游就是我们多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下:
差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程,我们也反反复复在多个公共数据集里面演练了。参考:
至于拿到单细胞表达量矩阵后的走seurat流程进行单细胞降维聚类分群,这样的基础分析,有基础10讲:
理论上大家应该是在普通单细胞转录组数据处理方面没有问题了,所以才会找我要单细胞多组学教程,比如(空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库)
首要原因是我们的商业定位,专注于生物信息学基础打磨,就是计算机基础知识,分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
针对这个生物信息学基础,我们有马拉松课程。强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶:
这个马拉松课程我可以负责任的广而告之,因为授课内容设置,讲师和助教们培养,都是我一手带起来的,教学质量杠杠的。
而且但凡是打磨好基础其实后续任何多组学技术,都是可以自行看文档解决。比如自学空间单细胞转录组就是可以看:《Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions》:
自带数据和代码的空间单细胞转录组文章
它有数据和代码: