我也不想以其昏昏使人昭昭

在我的b站《转录组公共课》视频看到了一个非常扎心的评价：以其昏昏使人昭昭。

因为自己的文学修养不够，但是这个词语看起来就让人不舒服，刻意去查了一下，意思是：指自己还糊里糊涂，却要去教别人明白事理。

出处是：孟子曰：贤者以其昭昭使人昭昭，今以其昏昏使人昭昭。

蛮有意思的，因为公开课本来就是给办公室的学徒现场授课的一个录屏的附属品，所以也不清楚放b站后的受众的背景知识怎么样，反正有的人嫌啰嗦有的人说跟不上，我简单摘抄了几个，如下所示：

老师讲得太快了，点得太快了，也不说运行的那条命令，解说不详细，新手看不懂呀
2019-12-30  
感觉up有点抓不住重点。。。。告诉我们怎么做就完了呗，你想照顾的东西太多了
2019-11-10
适合没有任何计算机基础的朋友，有点计算机基础的，单纯想学习转录组分析的同学看这个太浪费时间了。视频里面等待命令执行，查谷歌这种东西太多了，老师的一个命名文件错误都能当做知识点讲。
2021-01-25

不过确实有一些蛮不错的修改意见：

评论针对的是P14：RNAseq：9DEG-1，希望老师对该视频做出修改
指出一个问题，32分钟的时候你把contrast = c(-1,1,0) 代码改成contrast = c(1,0)，这样是错的，如果treat（design第一列）比untreat（design第二列），那contrast应该为c(1,-1)。这一点edgeR包的说明书写的很清楚了
One can compare any of the treatment groups using the contrast argument of the glmLRT
function. For example,
> fit <- glmFit(y, design)
> lrt <- glmLRT(fit, contrast=c(-1,1,0))
> topTags(lrt)
will compare B to A. The meaning of the contrast is to make the comparison -1*A + 1*B +
0*C, which is of course is simply B-A
综上，你这样改的后果是，比较变成了1*A + 0*B，（这里A是treat，B是untreat），比较结果就是所有基因在A里的表达量，注意32：39屏幕下方的结果，logFC达到了惊人的-27左右，这是很不符合实际的，你把那个nrDEG结果全部看完，会发现所有基因都是down-regulated，因为根本就没有进行比较

我知道确实会有一些小错误，但是不可能耗费时间精力去做到完美，修改视频替换视频需要的人力物力成本不低，属于吃力不讨好。而且我认为b站受众也应该是具有基本的逻辑思考能力，我首先不是教授其次也没有发过CNS，没有权威背书，无非就是兴趣爱好者自由分享。

大家辨证的学就好，嘲讽也好，谩骂也行，我都接下来了。

b站《转录组公共课》的教学视频和代码，见：

• 视频免费在B站：https://www.bilibili.com/video/BV12s41137HY 大家学习的时候记得发弹幕交流哈。
• 也有微云离线版本视频下载本地播放：
  • 上游分析视频以及代码资料在：https://share.weiyun.com/5QwKGxi
  • 下游主要是基于counts矩阵的标准分析的代码 https://share.weiyun.com/50hfuLi
• RNA-SEQ 实战演练的思维导图：文档链接：https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码：p6fo

但是这些代码也是稍微有一点点门槛的， 就是需要大家有基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理的基础：

• 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》
• 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》

把R的知识点路线图搞定，如下：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
• 文件读取和写出
• 简单统计可视化
• 无限量函数学习

Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：

• 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
• 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余、查找、切割、替换、合并、补齐，熟练掌握awk、sed、grep这文本处理的三驾马车。
• 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
• 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
• 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
• 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。