快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？

R语言作为咱生物信息学数据处理的首选编程语言，大家应该是不陌生了：

• 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》

一般来说，三五天就可以把把R的知识点路线图搞定，如下：

• 了解常量和变量概念
• 加减乘除等运算（计算器）
• 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
• 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
• 文件读取和写出
• 简单统计可视化
• 无限量函数学习

但是这样的入门，远远不够，一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ；

6.1，Combining both TCR and BCR
6.2，clonalOverlay
6.3，clonalNetwork
6.4，highlightClonotypes
6.5，occupiedscRepertoire
6.6，alluvialClonotypes
6.7，getCirclize
6.8，Clustering Clonotypes
6.9，StartracDiversity
6.10，Clonotype Bias

可以看到，图文并茂的教程里面，其实真正的代码没有几句话：

图文并茂的教程

而每个rmd文件的网页形式背后都是有rmd源代码的，也是很容易搜索到：

rmd源代码的

我们下载 https://github.com/ncborcherding/scRepertoire 的源代码，就可以拿到其文档配套的rmd文件啦。（在 https://github.com/ncborcherding/scRepertoire/blob/master/vignettes/vignette.Rmd ）

但是这个rmd文件超级多内容，从里面复制粘贴代码也是很麻烦的事情：

从里面复制粘贴代码也是很麻烦的事情

咱们单细胞学徒培养团队有达人推荐了如下所示的代码：

knitr::purl("X.Rmd","X.R", documentation = 2)

可以快速将rmd文件转化为R文件，注释内容变#，这样大家在demo人家数据的时候，就不用一直复制粘贴了，直接吧rmd文件转为r文件，run就行。

但是却引发了讨论，到底是自己从rmd文件里面慢慢复制粘贴，一个个单元的运行并且理解好一点呢，还是使用 knitr::purl 的技巧首先把rmd文件变成纯粹的r代码好一点呢？

欢迎大家投票参与讨论：

写在文末

我在《生信技能树》，《生信菜鸟团》，《单细胞天地》的大量推文教程里面共享的代码都是复制粘贴即可使用的， 有任何疑问欢迎留言讨论，也可以发邮件给我，详细描述你遇到的困难的前因后果给我，我的邮箱地址是 jmzeng1314@163.com

如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示：

We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.

十年后我环游世界各地的高校以及科研院所（当然包括中国大陆）的时候，如果有这样的情谊，我会优先见你