下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记
上一期答疑笔记是:2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记
内容是一致的,选一个即可
用替代软件xftp,准备工作里面的网盘里有
试试到igv官网下载新版本
左边的
不使用下载速度会慢,甚至失败。如果你人在海外的话,在自己的电脑上安装,建议找一个离自己近的镜像地址。当然你也可以先试试看我们给大家推荐的这个,如果下载速度肉眼可见的非常慢,那再去找其他的镜像。
我们建议你R和Rstudio都装C盘
如果你一直没有报错,而且你比较坚信自己解决问题的能力,也可以不用调整的
看一下视频,从第一行开始,一下下点run,留意左下角窗口的输出信息,如果返回大于号,且没有error,就继续点run
从这个日志来看,应该是你已经安装成功了呀,没有error就不用管
不大
你按一下ESC键,再重新run,你的代码可能复制补全,或者你run的时候没有一行行run
去typora官网下载适配版,实在不行那就先跳过,这个软件我们不用了
termus 和 iterm2,二选一,推荐前者
M1 在安装R语言的时候,请选择云盘版本,而不是去官网自己下载
需要
可以不用
都可以
R语言和Rstudio要安装C盘,其他没有要求
不需要
是的
可以直接安装新版本
网络问题,你缺一个dbi包,你安装我们给你的包的时候,他需要顺便安装几十个其它依赖包,但这个过程是自动的,如果你网络比较差,很有可能在其中某一个包失败,你现在的问题就是dbi失败了,所以你需要单独把它重新给装起来
design <- model.matrix(~0+group)
design2 <- model.matrix(~group)
可以参考https://github.com/bioconductor-china/basic/blob/master/makeContrasts.md
跳过就好,你一行行run之后,最后面library代码运行没有error就好了
那就重启一下Rstudio,然后跳过前面option 的代码
单独运行这一句代码 BiocManager::install('GO.db')
C盘路径有中文,应该也是可以安装R和Rstudio,只是安装R包会有一些问题,但都可以解决的。你这个截图,显示的是工作目录在C盘,即便是有中文,也没有关系。而且和你说的安装在C盘还是两回事。建议你还是卸载干净,重新安装到C盘,就是默认的安装路径就好,然后按照视频说的,安装R包,一般有中文也是可以解决的,你遇到问题再截图群里提问即可
你的已经成功啦~~你的是之前使用了国外网络,所以设置清华镜像反而不对,就是直接跳过设置清华镜像的代码,就可以安装R包的
找到error包对应的install代码,重新运行安装一下
把中文改掉,路径需要英文
需要,重新安装看看
用 BiocManager::install('')
安装一下提示信息说的安装 S4Vectors 包
关掉Rstudio,然后用管理员身份打开,再安装
运行截图的第14行代码
截图显示还在运行中,等左下角窗口返回一个大于号,你再选择最后的 library代码,run一下
提示信息,并不是错误,没有关键词 error 就不用管
运行 BiocManager::install('DO.db')
看答疑文档Q15,16
需要边操作,如果有条件的话,可以准备多台设备。当然,一台也够用了
重新安装一下
先切换镜像。
r语言最新镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/"))
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
BiocManager::install("miRNAtap",ask = F,update = F)
BiocManager::install("topGO",ask = F,update = F)
BiocManager::install("miRNAtap.db",ask = F,update = F)
你现在C盘还有多少空间,一般有10G就够用了,如果你现在用着没什么问题,也可以,只是以后可能会遇到问题。现在改的话卸载重装就好
如果是练习题,就在腾讯文档贴截图,下节课会讲;如果是对某个知识点不理解,可以在群里提问
单独运行一下 order(score) 就知道答案啦,另外,要改变顺序,也有参数
向量只能保存一种数据类型,数值型和逻辑型同时出现时,逻辑型会转换成数值型,TRUE 会变成 1,FALSE 变为 0
是的
R包安装以后是自动保存的,还在
没有影响
是rna反转录为cdna再测序,因为rna不稳定不能进pcr仪加热
rlang需要升级
单独看y$colname的运行结果,啥也没有,提取列名不是这样操作的,自创语法无效
文件名里有个空格
文件不规则,不是个方方正正的表格
要一下ESC键,括号不成对或者引号不成对
向量的长度除以你设置的行数或列数,向上取整进行循环补齐的
因为没赋值,没赋值就是没改
右边那个是图例,不是标尺,然后你图里画的那个东西,它也不是正常这样画上去的,有可能是用Ai P上去的。
Snipaste
管理员方式打开rstudio
没有安装 X11,OS X 10.9已不再提供此软件
需要从http://xquartz.macosforge.org下载安装
你不加载 r不知道你要用啥函数,但你指定了具体的R包,他就知道了
画图的代码里没有print
是的,先单独安装这个包
命令是BiocManager::install("DO.db")
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRR6051821你要看这里是single还是paired,这个就是paired
如果文章里没有提供adapter的话,就按照他是universal adapter处理就好,用默认的方式处理。比如fastp之类的工具。
array是芯片,sequencing是测序,RNAseq数据一般是高通量测序获取的。
注释和ppt里都有
你可以点左下角的记住密码,这样就可以不用每次重新输入。或者试试填表法
文件名用 tab 补全,凡是手打的文件名都是错的, Data.tar.gz 不是 Data.rar.gz
还有一句dev.off你没运行
看样子就是Entrez ID,可以查看一下这个 https://www.biostars.org/p/208560/
你也可以查看一些管家基因,他们应该高表达
分组是自己的事情,跟代码无关,如果你没办法分组当然就没办法差异。都是胃癌,也有中晚期分组,性别分组,你给它一个免疫评分, 然后就是免疫高低分组了
换个网络环境
你的findMe.txt很可能是一个文件夹,只是你没注意到
没有。20年前的芯片,早就停产了,而且他使用频率很低,就没有人给他开发配套的资料,这样的芯片拿到也没办法。
缺啥补啥就好,如果用conda安装的话,conda install r-rvcheck;可以通过搜索关键字找到安装的命令和在conda里这个包的名字
看看error.pdf 有类似的报错,你还缺了一步
可以
你截图显示只换了CRAN,没有换bioconductor
调用我们要用的软件帮助文档,salmon,hisat2等,没有报错就可以了
不可以,隐藏文件 .condarc 是配置文件,有特殊作用,不可以移动
conda命令属于shell,怎么能在R里运行呢?需要去shell里面哦
不大
这里是多了一个fi
读取文件使用 fread函数
github上有这个报错的解决方案 https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues/32
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)
先解决这个error
我们比较少这么用,而且这和个人习惯有关
cc可能是没有富集到
你要先把 R4.yaml 文件保存到当前文件夹下
因为gtf文件中的geneid有小数点
没有,主要看什么物种,而且还要看你的测序技术和样本类型,而且featurecounts的结果并不是比对率,应该是assign率哦。