下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记
上一期答疑笔记是:2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记
整理人:汪哲
整理时间:2022年5月
联系方式:zhewang@webmail.hzau.edu.cn
本次开课时间:2022年4月25日——5月21日
是的,有时候会提示加载其他需要调用的包
上面提示你已经安装过了,不需要重复安装。记住检查安装是否成功的唯一标准就是library,library一下看看
视每个人的习惯而定,怕麻烦可以去b站学习一下Mac电脑的常规操作
不用
BiocManager::install("preprocessCore")
单独运行这一句代码即可
是的。如果实在不方便,一台也可以
需要rtools,看答疑文档
R语言和rstudio要安装在C盘,其他不做要求
Mac不需要安装git
不用管,你从第一行开始运行,一下下点run,留意左下角窗口的输出信息,如果返回大于号,且没有error,就继续点run
在左下角窗口运行这一句代码 system('defaults write org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8')
大于4就好
下面绿框中pheatmap没有安装。
你需要安装一个包vctrs
你的Mac需要安装一个软件,xcode,安装好了之后重启电脑,再重新安装R包
都可以
后续上课会讲,安装了就行
可以,上课演示用的是xshell,不过自己习惯就好
这两个都关掉,在Rstudio界面操作即可
Mac电脑不需要。win才要
光标定位到左下角窗口,按一下ESC键,重新运行这一行。一下下点run,光标会自动跳行
可以,每次直播结束后视频会自动保存在钉钉群,一年内随时可以观看,支持倍速播放。
可能,换个网络试试。不用纠结太多,先安装成功没有error就行,课程中小洁老师也会重点讲如何安装R包,大家现在遇到问题到时候学习效果更好,加油~
看一下报错,上面提示这个没装,找到那条安装的命令运行
代码错了,不用去理解它的运行逻辑了,错的为什么要理解?你这个就是"代码不报错,不代表真的没错"的真实写照,你不知道自己要干什么,也不知道结果是啥意思,仅仅是没有报错,你就认为这个代码是对的,是思维上的错误呦。
可以点工具栏最左边的+号,或者英文输入符下,按三下```,输入语言字符(如R),按Enter就可以出来了
数据框Data frame 1,就是把一个数据框命名为df
c里面的数字都去掉双引号,重新运行一遍试试
去掉第一列
先看p值 在有意义的基础上看R,R代表相关程度,-就是负相关,R绝对值约靠近1,相关性越大。绝对值<0.2则认为无相关性,绝对值>0.8则认为强相关性。R为正代表正相关,R为负代表负相关
分别写两个str_sectect,&
数据库里只有基因,没有差异基因,只有你的实验设计差异分析结果,才能得出差异基因,比如你的差异基因有1000个,其中被kegg数据库收录的只有500个,那么这个分母就会是500,为什么这个分母不是1000?因为人类的认知有边界,不是所有的基因都被kegg收录了
理论上单独将这个GPL改成你的数据集的平台号后直接运行这一步就可以了,如果多次尝试仍不行,可能因为注释包版本有差别。
不会,上课的时候会提供服务器进行操作,提示符会是$。
免费版本够用。finalshell可以的,自己用习惯了都差不多的。
比如:cat filename |awk -F '\t' 'NR>1 {print $4}' |tr ';' '\n' |grep '_' >fq.url
会讲一些。
ID是数字没关系,能对应就好,它公司出产芯片自己的规定
x里头是字符串,y里头是数值,所以没法inner_join。intger是整数,numeric的一种,不过不要紧,直接idsprobe_id=as.character(idsprobe_id)
有很多软件哦,第四周会提到,不着急哈
发生循环补齐。你要用两个str_detect,OR符号,竖线连接
点开ids就知道有什么了,因为symbol是基因名,我们后面要用所以提取他,不然画个火山图,热图,总得知道差异表达的是啥, 这些都能提
4核心,16G内存,500G硬盘
足够啦
只是部分命令使用,比如 help cd,命令 --help 适用大部分情况,我们一般用这个就够了
是的,但是当你输出多列的时候,分隔符就还会显示出来
file{1..3}
你的file*匹配了三个文件和叫file的文件夹。file不能自己移动到自己里面,这就是那句提示的意义。剩下三个文件当然可以动,所以就移动了。
你的文件是在windows中处理过再上传到服务器的,行末的换行符编码格式已经变了
q()
subread包含其它软件,但不包含一个叫subread的软件,比如你下了一个软件叫腾讯,它里面没有一个真的软件叫腾讯,他是腾讯的微信或者QQ
是的,你可以看到有3个done,还有个do,你没截到
IGV
这是library的提示信息呀,小洁老师说了,不是error就不用管。下面的×其实你看上面的英 直译也可以看懂,title是冲突,下面解释了具体的冲突
命令行配色已经改了,但是你的bashrc应该被你其他操作改错了,导致ls命令没了颜色
三步
ESC
:wq
回车
CTRL+C终止
用变量的时候前面要加$,前面四行是定义了四个变量,后面就是在用它们
不可以
这样子探索
【1】运行圈出来部分;【2】id=【1】的第一个结果;【3】name={id##*/} ;【4】echo {name}
外面有单引号,里面肯定不能继续单引号,不然会冲突
是的,参考基因组服务器上有,用服务器上的就行,知道怎么下载即可
这个需要我们管理员来解决
两个月哦