新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以新加坡团队做这方面科研探索是情理之中。本次分享的肿瘤外显子研究非常早期了，是2014年发表在Nature GeNetics杂志的：《The genomic landscape of nasopharyngeal carcinoma》。
本次研究纳入了128个NPC患者，涉及3种技术，包括：whole-exome and targeted deep sequencing, as well as SNP array，详情如下：
- 肿瘤外显子：56 NPC germline and tumor pairs (discovery cohort) and 5 NPC cell lines ，数据在：(SRP035573)
- 拷贝数芯片：(SCNVs) of 52 primary tumors with SNP array (of which 50 also had WES data).，数据在：(GSE57100),
- 捕获测序：deep sequenced all of the exons of 134 such candidate driver genes with an additional 61 NPC germline and tumor pairs and 5 nonpaired primary tumors
这里的拷贝数芯片产品是：Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K NspI Array ，基本上很难找到关于这个数据的分析介绍，文章写的是 CNAG/AsCNAR algorithms
但是肿瘤外显子和捕获测序，就是普通的fastq数据找变异啦，如果你也有类似的肿瘤外显子测序数据，可以看《肿瘤外显子》专栏的目录（节选）如下：
- （一）读文献并且下载测序数据
- （二）质控与去接头
- （三）比对
- （四）比对结果的质控
- （番外篇）bam文件载入igv可视化
- （五）GATK的最佳实践
- （六）vcf文件的注释及ANNOVAR的使用
- （七）maftools可视化
- （八）不同注释软件的比较（上）：安装及使用
- （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件
- （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件
肿瘤外显子队列和拷贝数芯片的突变全景图
文章最重要的图就是显示鼻咽癌在6个通路容易发生突变，包括点突变和拷贝数变异，所以一个全景图就足以展示了：
鼻咽癌在6个通路容易发生突变
文献在附件也给出来了这些突变位点， 当然了如果有服务器也可以自行下载这个肿瘤外显子队列的fastq数据，数据在：(SRP035573) 走流程自己拿到somatic突变位点。
成百上千个基因在五十多个病人里面有突变，就需要判断哪些突变是重要的，称作是NPC malignant phenotype (driver events), ，这里研究者们采取了3个方法：
- (i) genes with false discovery rates (FDR) <0.4, which was calculated by CHASM, a widely used algorithm to distinguish driver and pas- senger mutations15–17;
- (ii) genes with detectable transcripts in at least 50% of the tumors examined by RNA-seq (most passenger mutations have little or no expression11);
- (iii) genes causally implicated in other solid tumors or involved in the canonical oncogenic pathways (Cancer Gene Census; see URLs).
表观修饰相关基因的重要性
包括：Ac, acetylation; Me, methylation; Ub, ubiquitination
可以看到这些表观修饰相关基因有突变的病人首先预后很差，其次肿瘤突变负荷也更多：
表观修饰相关基因
然后是ERBB-PI3K信号通路重要性
同理，聚焦ERBB-PI3K信号通路，并且可视化凸显这个通路上面的大量基因都有突变，而且通路突变的病人预后更差：
ERBB-PI3K信号通路重要性