肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路
肿瘤外显子这个技术随着TCGA大计划的名声鹊起，基本上它已经很快就被应用于各个癌症队列，鼻咽癌虽然小众，但是也有了两个队列，详见：
- 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
- 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
所以后面想继续做同样的技术同样的癌症，就必须要有新颖之处了，比如于 2017年发表在 NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志的文章：《Exome and genome sequencing of nasopharynx cancer identifies NF-kB pathway activating mutations》， 是肿瘤外显子和基因组结合看鼻炎的突变激活通路。因为虽然全基因组测序数据分析本质上也是找somatic的点突变和拷贝数变异，但是它数据量大，成本高，所以必然就做的人少，相对来说竞争就少很多。
这次队列纳入了 111 unique tumour specimens derived from 105 unique subjects ：
- 78 primary tumours,
- 11 local recurrences
- 22 metastatic tumours.
各种分组比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱，同样的也纳入了在它前面发表的两个鼻咽癌肿瘤外显子队列 ：
比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱
可以看到：
- 肿瘤突变负荷较高的鼻咽癌病人生存会比较差
- NPC这个癌症整体肿瘤突变负荷小于头颈癌
- NPC的原位肿瘤和复发的，在突变频谱层面有差异
肿瘤突变全景图
这个文章的WGS数据是公开的，但是WES似乎是无法找到。下载其原始的fastq测序数据自己处理，假如有类似的肿瘤外显子测序数据，可以看《肿瘤外显子》专栏的目录（节选）如下：
- （一）读文献并且下载测序数据
- （二）质控与去接头
- （三）比对
- （四）比对结果的质控
- （番外篇）bam文件载入igv可视化
- （五）GATK的最佳实践
- （六）vcf文件的注释及ANNOVAR的使用
- （七）maftools可视化
- （八）不同注释软件的比较（上）：安装及使用
- （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件
- （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件
虽然不一定能下载fastq数据自己找变异， 但是文章在附件给出来了全部的病人的somatic突变详情，可以看到：
肿瘤突变全景图
显著突变的通路
仍然是跟前面的研究类似，聚焦于通路层面来探讨：
Recurrent mutations in PI3K/MAPK pathway activators or regulators (PIK3CA, PTEN, ERBB3, BRAF1, NF1, FGFR2, FGFR3) and chromatin modifying enzymes (KMT2D, KMT2C, EP300, KDM5A) were also observed, but infrequently, in agreement with a previous study.这两个队列详见：
- 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
- 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
如下所示的 PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路：
PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路
有生存意义的通路
这里因为这99个病人有生存信息，所以可以根据其病人突变与否来分组，经过细致的探索，发现 MHC一类分子的基因有生存意义：
MHC一类分子的基因有生存意义