肿瘤外显子这个技术随着TCGA大计划的名声鹊起,基本上它已经很快就被应用于各个癌症队列,鼻咽癌虽然小众,但是也有了两个队列,详见:
所以后面想继续做同样的技术同样的癌症,就必须要有新颖之处了,比如于 2017年发表在 NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志的文章:《Exome and genome sequencing of nasopharynx cancer identifies NF-kB pathway activating mutations》, 是肿瘤外显子和基因组结合看鼻炎的突变激活通路。因为虽然全基因组测序数据分析本质上也是找somatic的点突变和拷贝数变异,但是它数据量大,成本高,所以必然就做的人少,相对来说竞争就少很多。
这次队列纳入了 111 unique tumour specimens derived from 105 unique subjects :
各种分组比较肿瘤突变负荷,以及肿瘤突变频谱,同样的也纳入了在它前面发表的两个鼻咽癌肿瘤外显子队列 :
比较肿瘤突变负荷,以及肿瘤突变频谱
可以看到:
这个文章的WGS数据是公开的,但是WES似乎是无法找到。下载其原始的fastq测序数据自己处理,假如有类似的肿瘤外显子测序数据,可以看《肿瘤外显子》专栏的目录(节选)如下:
虽然不一定能下载fastq数据自己找变异, 但是文章在附件给出来了全部的病人的somatic突变详情,可以看到:
肿瘤突变全景图
仍然是跟前面的研究类似,聚焦于通路层面来探讨:
Recurrent mutations in PI3K/MAPK pathway activators or regulators (PIK3CA, PTEN, ERBB3, BRAF1, NF1, FGFR2, FGFR3) and chromatin modifying enzymes (KMT2D, KMT2C, EP300, KDM5A) were also observed, but infrequently, in agreement with a previous study.这两个队列详见:
如下所示的 PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路:
PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路
这里因为这99个病人有生存信息,所以可以根据其病人突变与否来分组,经过细致的探索,发现 MHC一类分子的基因有生存意义:
MHC一类分子的基因有生存意义