早期的鼻咽癌肿瘤外显子队列已经是揭示了一系列导致 NPC 发展的遗传因素和遗传畸变,包括 NF-κB 途径激活突变,染色质修饰相关突变,ERBB-PI3K 信号激活突变,详见:
普通的肿瘤外显子队列在这个鼻咽癌领域既然已经被相继发表了,后面的类似的肿瘤外显子研究就必然加入全新元素,比如聚集到生存意义:
但是这个领域不可能没有同质化研究,但凡是新技术就会迅速在各个“财大气粗”的实验室铺开,大家能想到的最简单的就是描述性的队列研究了,反正就测序再说。如果做第一人当然简单,第2,3,4也可以尽可能的加入一些小创新。但是如果同样的研究前面已经有十几篇文章了呢,这个时候就需要融入生物学(医学)背景了,比如于 2019年发表在 Cancer Res; 杂志的文章:《Clonal Mutations Activate the NF-kB Pathway to Promote Recurrence of Nasopharyngeal Carcinoma》,本文首先不可能是简简单单的肿瘤外显子队列,也不太可能仅仅是聚焦于生存预后意义,因为都被发表了。所以加上了一个复发鼻咽癌的特异性突变创新点,让我们来一起看看:
本文总共是:A total of 55 rNPC and 44 pNPC fresh tissue samples (其中7个病人有rNPC和pNPC配对)
可以看《肿瘤外显子》专栏的目录(节选)如下:
文章的描述也是如此;
肿瘤外显子数据分析流程
每个病人都有自己的somatic的点突变以及拷贝数变异,后续的分析都是基于此!
这里结合了两个鼻咽癌的肿瘤外显子队列:
这两个队列详见:
这两个队列都是很容易下载fastq测序数据,走fastq数据文件的找变异流程。然后比较肿瘤突变负荷,如下所示:
可以看到,复发的鼻咽癌队列肿瘤突变负荷大,而且达到了统计显著性,不仅仅是肿瘤突变负荷大于自己的原发肿瘤,也大于两个公共数据集。
每个病人都有自己的somatic的点突变以及拷贝数变异,所以需要以全景图的方式展现:
突变全景图
全景图通常是展现自己感兴趣的通路的基因,或者突变比例比较高的基因。这里作者也是拿这些基因的突变与否,去跟比较原发肿瘤和复发鼻咽癌的突变差异。
前面我们提到了 早期的鼻咽癌肿瘤外显子队列已经是揭示了一系列导致 NPC 发展的遗传因素和遗传畸变,包括 NF-κB 途径激活突变,染色质修饰相关突变,ERBB-PI3K 信号激活突变,详见:
所以,本文也会把这样的重点通路 PI3K-AKT 和 NF-kB 单独拧出来讨论:
重点通路仍然是PI3K-AKT 和 NF-kB
上面展现了两个通路,而且有原发肿瘤和复发性癌症两个队列,所以可以做4次生存分析。当然了,作者仅仅是会展现有统计学意义的生存分析结果,如下所示:
PI3K-AKT 通路在复发癌症队列有生存意义
可以看到是Kaplan–Meier survival curves of rNPC subjects with or without genetic lesions in the PI3K-AKT signaling pathway.
我在生信技能树多次分享过生存分析的细节;
生存分析是目前肿瘤等疾病研究领域的点睛之笔!