R中按照数字大小进行排序
R中按照数字大小进行排序
Listenlii-生物信息知识分享
发布于 2022-07-30 14:02:21
发布于 2022-07-30 14:02:21
在R中有时会需要通过数字大小对某些数据进行排序。
不过R默认是按照字符大小顺序进行排序，如常见的OTU名称：
OTU1，OTU2，OTU3，OTU10 ，OTU20...
会被默认排序为：
OTU1，OTU10，OTU2，OTU20，OTU3...
这在一些数据处理和画图过程非常不方便。
如果要按照数字排序为OTU1，OTU2，OTU10这种，可以有很多方法，本文举几种简单的例子：
先读进一个OTU表~
otu = read.table(file = "otu.txt",sep="\t",row.names = 1,header=T,check.names=F)
# 行名为OTU的名字
name = rownames(OTU)
1. gtools包的mixedorder函数，一步到位直接对OTU名字中的数字排序:
library(gtools)
a = mixedorder(name)
otu2 = otu[a,]
2. stringr包的str_order函数类似:
library(stringr)
b = str_order(name, numeric = TRUE)
otu2 = otu[b,]
3. OTU名字去掉OTU只保留数字再排序:
c = order(as.numeric(gsub("OTU","",name)))
otu2 = otu[c,]
4.OTU名字中的OTU和数字分开，单独对数字排序:
d = order(as.numeric(sapply(strsplit(name,"Zotu"),"[",2)))
otu2 = otu[d,]
5.根据OTU名字的字节数进行排序:
e = name[order(nchar(name),name)]
otu2 = otu[e,]
还有其他多种方法，不再赘述，Over~~~
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原始发表：2022-06-16，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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