如何获取完整的GWAS summary数据（2）------ MRCIEU GWAS数据库

在上一期的内容中，我和大家简单介绍了如何从GWAS catalog数据库中获取完整的GWAS summary数据，不知道大家有没有掌握？

今天，我将和大家分享另一个可以下载完整GWAS summary数据的网站（https://gwas.mrcieu.ac.uk/），一看到网址里的“mrcieu”大家是不是想到这个网站肯定和“TwoSampleMR”包有联系。其实这个网站就是“TwoSampleMR”包所依赖的数据库，将它和“TwoSampleMR”包结合使用可以达到事半功倍的效果。

假设我们现在想寻找BMI（body mass index）的GWAS数据，可以在搜索栏里输入“body mass index”然后回车（如下图所示）：

返回的结果如下图所示，这里我们需要关注标红的“GWAS ID”这一栏，它直接告诉你这个表型的ID了，这样就方便你使用”TwoSampleMR“包进行分析了：

我们不妨点击第一个“ieu-b-40“进去看看，结果如下图所示，这里包含该研究的基本信息，大家重点关注”Population“、”Sample size“和”Build“就行，这个数据没有提供完整的GWAS summary 数据：

接下来，我们点击“ukb-b-19953“这个数据集，可以发现它提供了VCF文件，其实这也就相当于提供了完整的数据，大家可以点击”View report“查看结果报告：

看到这儿，我想大家也明白了，这个数据库里的完整GWAS数据可以通过下载VCF和index文件得到，如果没提供VCF文件的，那说明它的完整GWAS summary数据不是公开的或者需要到别处去找（大概率是非公开的）。

最后，希望大家都能顺利找到自己想要的GWAS数据来进行MR分析，如果有什么问题欢迎私信我加群交流（微信：MedGen16）。

PS: 与GWAS catalog数据库一样，这个网站最好也用国外代理来打开，这样会比较快。