如何在Windows电脑上使用LDSC软件(2)------LDSC的安装

生信与临床

发布于 2022-08-21 17:42:42

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发布于 2022-08-21 17:42:42

在上一期的内容中，我带大家完成了Linux子系统的安装，今天我们就要开始在Linux子系统上安装LDSC了，这也是一个很大的坑！！！

下面的Linux代码是帮助升级相关软件的

sudo apt-get update
sudo apt-get install --reinstallbuild-essential

然后下载Anaconda的linux版本（https://www.anaconda.com/products/distribution），下载后按照教程一步一步安装（https://anaconda.cloud/support-center/installers），安装到最后一步可以将其配置到环境变量里，这样就可以直接使用Anaconda的相关功能了。

LDSC最简单的安装方法就是官网提供的（https://github.com/bulik/ldsc）：

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git#下载ldsc
cd ldsc #进入ldsc文件夹
conda env create --file environment.yml #配置ldsc环境
source activate ldsc #激活ldsc环境
./ldsc.py -h #查看ldsc程序是否能正常运行
./munge_sumstats.py -h #查看munge_sumstats是否能正常运行

但是，如果上述步骤无法完成LDSC安装的话，那么建议按照下面的教程进行安装：

首先，自行创建一个名为ldsc的工作环境：

conda create --name ldsc
source activate ldsc #激活并进入ldsc环境

此时系统的前面会出现(ldsc)这样的小标志，如下图所示：

首先如果大家有代理的话，建议开启代理，这样可以直接使用bioconda下载相关依赖包，如果无法使用代理的话，可以使用国内的镜像

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

接下来一步一步安装所需的软件和安装包：

conda install python=2.7 #安装python 2.7
conda install pybedtools=0.7 #安装pybedtools 0.7
conda install nose=1.3 #安装nose 1.3
conda install bitarray=0.8 #安装 bitarray 0.8
pip install scipy==0.18 #安装scipy 0.18
pip install pandas==0.20 # 安装pandas 0.20
pip install numpy==1.16 #安装numpy 1.16
export PATH=~/ldsc:$PATH #配置环境变量
echo $PATH

接下来，我们输入 ldsc.py -h，如果出现如下页面，说明安装成功：