Lefse本地运行并更换颜色

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。

首先是lefse的安装

由于lefse使用的环境比较早，建议使用conda虚拟环境的方式安装，可以省掉不少麻烦

    conda create -n lefse python=2.7 python=2.7 #python这里选成2.7否则会卡住

环境安装完成后，进入环境安装lefse

    source activate lefse

    conda install lefse

等lefse 自动安装完成以后，可以用lefse-plot_cladogram.py 来调用绘图，具体可以查看bioconda的官方文档

lefse安装说明

另外完全按照这个程序走，会报错没有 axis_bgcolor() 这个参数，一开始的想法是去lefse-plot_cladogam.py修改这个参数 axis_bgcolor() 改成facecolor() 不过尝试过以后发现不只是bgcolor这一个参数改动了，很多参数都有变化，如果只改这一个图还是会很奇怪。 后来发现是matplotlib的版本问题，降低版本就可以解决。 直接降低到最早的版本会报错

/usr/include/time.h:37:10: fatal error: bits/types/clock_t.h: No such file or directory

找了半天，找到1.5.3的版本还是可以用的。（之后就更新到2.0了，大概大改都发生在这边）。 在lefse环境里卸载matplotlib重装

pip uninstall matplotlib

pip install matplotlib==1.5.3

正常安装完成 再尝试下

lefse-plot_cladogram.py test.res test.svg

正常了

之后是改变颜色，这个比较简单

进入envs目录，然后找到 lefse-plot_cladogram.py 打开，最前面有一段

colors = ['r','g','b','m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']
dark_colors = [[0.4,0.0,0.0],[0.0,0.2,0.0],[0.0,0.0,0.4],'m','c',[1.0,0.5,0.0],[0.0,1.0,0.0],[0.33,0.125,0.0],[0.75,0.75,0.75],'k']

然后直接改这边的颜色就行 上下对应都要改。

顺便，lefse的图真的好看。

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