R一行代码搞定火山图
前面我们讲了如何“抄”别人写的函数（R函数不会写，"抄"总会吧！）和修改别人写的函数（R函数，如何“抄”出水平）来画火山图，但是总体来说还是比较复杂的。有没有更简单的方法能够一条命令就把火山图给画了呢？还真有。今天小编就给大家安利一款R包，EnhancedVolcano，一条命令就把火山图给画了，样子看上去还不错。
首先我们要安装这个R包
if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE))
install.packages('BiocManager')
BiocManager::install('EnhancedVolcano')接下来我们还是利用R函数不会写，"抄"总会吧！里面的数据来举例子，先来画差异表达基因的火山图
load("DEGAll.rda")
ls()
library(EnhancedVolcano)
EnhancedVolcano(DEGAll,
title = 'DEGAll', #标题
lab = DEGAll$symbol, #图中圆点的标签名字
x = 'logFC', #x轴
y = 'FDR', #y轴
FCcutoff = 1, #x轴cutoff，虚线所在的位置
pCutoff=0.01 #y轴cutoff，虚线所在的位置
)
接下来画差异表达miRN的火山图，也是一条命令搞定。不用像R函数，如何“抄”出水平讲到的，劳神费力的去修改别人写的函数。
EnhancedVolcano(DEGMIR,
title = 'DEGMIR',
lab = rownames(DEGMIR),
x = 'logFC',
y = 'FDR',
FCcutoff = 1,
pCutoff=0.01,
xlim=c(-8,8) #x轴范围，为了完整显示右边miRNA的名字，设置大一点
)
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2020-10-17，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
腾讯云开发者
