四种获取fasta序列长度的方法

awk '/^>/{if (l!="") print l; print; l=0; next}{l+=length($0)}END{print l}' test.fasta

>Chr1
15704606
>Chr10
8327059
>Chr11
8696443
>Chr12
7853492
>Chr13
4340075
>Chr14
6288713
>Chr2
9509017
>Chr3
11222275
>Chr4
7647452
>Chr5
7499939
>Chr6
4872821
>Chr7
8973615
>Chr8
8275968
>Chr9
8318069

conda install bioawk
bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < test.fasta

Chr1    15704606
Chr10   8327059
Chr11   8696443
Chr12   7853492
Chr13   4340075
Chr14   6288713
Chr2    9509017
Chr3    11222275
Chr4    7647452
Chr5    7499939
Chr6    4872821
Chr7    8973615
Chr8    8275968
Chr9    8318069

#生成.fai文件
samtools faidx test.fasta
#提取前两列
cut -f1-2 test.fasta.fai

第一列 NAME   :   序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH:   序列的长度， 单位为bp；
第三列 OFFSET :   第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符，

conda install seqkit
seqkit fx2tab --length --name --header-line  test.fasta