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eggnong数据库本地版注释步骤

R语言数据分析指南

发布于 2022-09-21 14:33:14

5370

发布于 2022-09-21 14:33:14

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❝本节来介绍如何使用「eggnog-mapper」软件来对基因做功能注释，，由于需要注释的基因有10万条，在线版单次只支持5000条序列因此我们使用本地版来进行注释❞

软件安装

conda install -c bioconda eggnog-mapper

数据库下载

目前版本已经更新到5.0.2下载后解压缩即可

axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz
axel -an50 http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz

使用方法

python /home/abc/miniconda3/bin/emapper.py -i /home/abc/Desktop/pep.fa
--output /home/abc/Desktop/At -m diamond --cpu 35
--seed_ortholog_evalue 1e-5
--dmnd_db /data/public/database/eggnog/eggnog_proteins.dmnd
--data_dir /data/public/database/eggnog

❝注意需要写对软件的路径及数据库相对应得路径，本次使用35个线程来进行注释还是相当快的，此外该程序对内存得占用不是很高 ❞
❝今天的介绍到此结束，需要做数据注释的可联系小编，喜欢的小伙伴欢迎分享转发；

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原始发表：2022-05-17，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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