R的read.table小技巧

前面给大家讲过☞如何查看R自带函数源代码，那么如何查看一个R函数的使用方法和例子呢？其实也很简单，我个人比较常用也比较推荐的方法是

？+函数名字

我们结合常用的R函数，read.table来举个例子

首先我们来看看read.table的使用方法，

?read.table

感兴趣的可以仔细去阅读一下，read.table这个函数的使用方法。今天我们主要给大家介绍几个比较实用的小技巧。

1.comment.char参数的使用

这个参数是什么意思呢？就是如果你设置了这个参数，一般是一个字符串，那么R读文件的时候，会自动跳过所有以这个字符串开始的行。下面我们来具体的看一个例子。假设我想读下面这个文件test1.txt里面的内容。

这个文件的前五行都是注释，是以"#"开始的。

一般比较传统的做法，可能是通过skip跳过这5行。

a=read.table("test1.txt",skip = 5,header=T,sep="\t")
a

这个方法可以实现我们想要的效果，但是不太灵活。每一次你都要去数应该跳过几行。如果另外一个文件前面不是5行注释，那么还需要修改代码。

接下来我们看看comment.char这个参数

b=read.table("test1.txt",comment.char = "#",header=T,sep="\t")
b

可以看到结果跟上面skip方法得到的是一样的，但是这个方法普适性更强一些，无论你的文件前面有多少行注释，只要是以"#"开始，那么都会被跳过去。

2.stringsAsFactors参数的使用

这个参数主要控制读入的字符串向量是否需要被转换成因子。一般默认情况下字符串会被转换成因子。

b=read.table("test1.txt",comment.char = "#",header=T,sep="\t")
b$gene

如果不想让字符串转换成因子，那么我们可以将stringsAsFactors设置成False

b=read.table("test1.txt",comment.char = "#",header=T,sep="\t",stringsAsFactors = F)
b$gene

3.check.names参数的使用

默认情况下这个参数check.names = TRUE，这个参数主要是检查数据的列名，保证列名合法有效。

假设我们有下面这个文件test2.txt，如果我们把第一行作为列名用read.table读到R里面，会出现什么情况？

a=read.table("test2.txt",header=T,sep="\t")
a

你会发现，列名前面自动加上了X，因为我们知道在R里面一般变量名不能是数字，也不能以数字开头。如果想保留原来的列名，可以使用check.names = F。

a=read.table("test2.txt",header=T,sep="\t",check.names = F)
a

4.fill参数的使用

有时候我们读入的文件，可能某些行缺少一些值，跟其他行的长度不一样。如果我们直接用read.table去读，可能会报错。

假设我们有下面这个文件test3.txt

这时如果设置fill=T，将会自动把缺失的值用NA补齐。

a=read.table("test3.txt",header=T,sep="\t",fill=T)
a