R绘制堆积柱形图

#读入数据
a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
#生成png图片，删除之前的堆积柱形图
png(file="before.png",width=560,height=400)
#设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注
par(mar=c(5,4,4,10))
#绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放，利用rainbow生成20种颜色
barplot(as.matrix(a),las=2,col=rainbow(20))
#图注摆放在右边，
legend("right",legend=rownames(a),
       xpd=T,  #放置到右边的空白处
       pch=20, #方形小图标
       inset = c(-0.35, 0),   #水平微调
       col=rainbow(20),  #颜色
       bty="n"  #图注不要边框
)
dev.off()


#删除前两行
b=a[-(1:2),]
#利用apply函数对列做处理，除以每列之和
result <- apply(b,2,function(x)x/(sum(x))*100)

#检查每列之和是不是100%
colSums(result)
#数据导出
write.table(result,file="remove_recal_percent1.txt",sep="\t",quote=F)

#生成png图片，删除之后的堆积柱形图
png(file="after.png",width=540,height=400)
#设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注
par(mar=c(5,4,4,10))
#绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放，利用rainbow生成20种颜色
barplot(as.matrix(result),las=2,col=rainbow(20))
#图注摆放在右边，
legend("right",legend=rownames(result),
       xpd=T,  #放置到右边的空白处
       pch=20, #方形小图标
       inset = c(-0.25, 0),   #水平微调
       col=rainbow(20),   #颜色
       bty="n"   #图注不要边框
)
dev.off()