ggplot2绘制堆积柱形图

生信交流平台

发布于 2022-09-21 16:40:55

6530

发布于 2022-09-21 16:40:55

文章被收录于专栏：用户7627119的专栏用户7627119的专栏

前面给大家简单介绍了如何用☞R绘制堆积柱形图，今天我们来看看如何用ggplot2这个包来绘制堆积柱形图。我们还是使用☞R绘制堆积柱形图中用到的all_pool_species_sample.txt这套数据。数据的格式如下

利用ggplot绘制堆积柱形图，需要对数据格式进行转换

library(ggplot2)
raw=read.table("sample_bacteria_percentage.txt",header=T,sep="\t")

library("reshape2")
data=melt(raw,id="class")

转换之后的数据格式如下

我们先用默认参数来画一张图看看

p=ggplot(data, aes(x=variable, y=value,fill=class)) + 
  geom_bar(stat="identity",position = "stack")
p

这张图虽然能反应我们的数据，但是总觉得不是太美观。

1）字体有点小

2）不想要灰色背景

3）横轴标签variable和纵轴标签value可以不显示

接下来我们就来解决这几个问题

p+theme(
        text = element_text(size=20),  #所有字体大小为20
        axis.text.x = element_text(angle=90, vjust = 0.5),  #X轴文字90度摆放,水平微调0.5
        axis.title.x=element_blank(),  #删除X轴标题
        axis.title.y=element_blank(),  #删除Y轴标题
        panel.background = element_blank() #删除灰色背景
        )