【R语言】热图绘制-heatmap+RColorBrewer配色方案

#读取所有miRNA的表达矩阵
expr=read.table("miRNA_expr.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
#读取差异表达分析结果
#差异表达分析可以参考https://ke.qq.com/course/package/37513
deg=read.table("MIR_DEG_fc_2.5_pval_0.01.txt",header=T,row.names = 1,sep="\t")
#设置样本类型
type=factor(rep(c("CR","CC"),each=3))
#提取差异表达miRNA的名字
miRNA=rownames(deg)
#提取差异表达miRNA对应的表达矩阵
data=as.matrix(expr[miRNA,])

#如果没有安装RColorBrewer这个包，需要先去掉下一行中的#，再运行进行安装
#install.packages("RColorBrewer")

#加载RColorBrewer这个R包
library(RColorBrewer)

#展示PiYG配色方案中的11种颜色
display.brewer.pal(11,"PiYG")

#生成三张图片，按三行一列排布
par(mfrow=c(3,1))
#PiYG中一共有11中颜色，画11根柱子来展示
barplot(1:11,col=brewer.pal(11, "PiYG"))
#通过colorRampPalette生成渐变色，PiYG中本身就有11中个颜色
#后面括号中的数字是要生成渐变色的个数，也为11，所以效果跟上图一样
barplot(1:11,col=colorRampPalette(brewer.pal(11, "PiYG"))(11))
#通过colorRampPalette生成25个渐变色
barplot(1:25,col=colorRampPalette(brewer.pal(11, "PiYG"))(25))

coul <- colorRampPalette(brewer.pal(11, "PiYG"))(25)
heatmap(data, 
        cexCol = 1,  #设置列标签字体大小
        scale="row",  #按行做归一化
        col = coul  #使用PiYG配色方案生成的25个渐变色
        )

#展示OrRd配色方案中的9种颜色
display.brewer.pal(9,"OrRd")

coul <- colorRampPalette(brewer.pal(9, "OrRd"))(50)
heatmap(data, 
        cexCol = 1,  #设置列标签字体大小
        scale="row",  #按行做归一化
        col = coul #使用OrRd配色方案生成的50个渐变色
       )