mRNA和甲基化关联分析

我们知道一般基因启动子区域的超甲基化会导致下游基因转录受到抑制，从而使表达量下调。也就是一般启动子区域的甲基化水平跟下游基因的表达是成负相关的。

前面也给大家分享过

☞R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

今天给大家介绍一个网页工具cBioPortal(http://www.cbioportal.org/)，可以绘制肿瘤中，任意基因的甲基化水平跟表达之间的相关性散点图，并做相关性检验，给出相关系数和p值。

1.首先我们打开这个网站

2.接下来我们查找一个研究的肿瘤，我们以结直肠癌为例，搜索colorectal，然后勾选一套数据，点击query by gene（按照基因来检索）

3.选择表达谱数据，选择甲基化数据，输入感兴趣的基因的名字，点击submit query（提交查询）

4. 点击Plots，绘图

5. 横轴选择mRNA，纵轴选择methylation，去掉Copy Number的勾选，否则在图上会显示拷贝数相关的信息，大家可以自己尝试一下。最后我们可以点击第4步的按钮保存图片。

6. 选择保存图片的格式

7. 最后我们就可以得到这样一个pdf文件，在右上角还会显示相关性检验的相关系数和P值，可以看到确实是显著负相关的。大功告成！