手把手教你画酷炫环形图（图文详解）

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发布于 2022-09-21 18:51:46

3760

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成品预览

环境需求

R 及 Rstudio 的安装配置

https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/102007737

RCircos安装

  options()$BioC_mirror
  options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  options()$BioC_mirror
  if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
  library(BiocManager)
  
  BiocManager::install("RCircos",ask = F,update = F)

绘制圈图

载入包

  rm(list=ls())
  
  # 载入包
  library(RCircos)

绘制人染色体圈图

  # 绘制人染色体圈图 ------------------------------------------------------
  # 导入人类染色体数据
  data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
  
  # 设置染色体数据
  cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram
  # 设置不显示的染色体
  chr.exclude <- NULL
  # 设置内部环形数
  tracks.inside <- 10
  # 设置外部环形数  
  tracks.outside <- 0
  
  # 导入上面四个基本参数
  RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,tracks.inside, tracks.outside)  
 
  # 列出所有绘图参数
  RCircos.List.Plot.Parameters()
  
  # 绘制染色体图形，默认方法显示染色体名称。
  RCircos.Set.Plot.Area()    
  RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()

数据格式：

绘制：

绘制基因

  # 添加基因名称与连线 -----------------------------------------------------
  
  # 加载数据集
  data(RCircos.Gene.Label.Data);
  
  # 设置在内环绘制
  side <- "in";
  # 设置在第一内环绘制
  track.num <- 1;
  
  # 绘图
  RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, track.num, side);
  
  # 在染色体上添加基因名称
  name.col <- 4;
  track.num <- 2;
  
  # 绘图
  RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side);

数据格式：

绘制：

绘制热图

  # 添加热图类型的环形 ---------------------------------------------------------------
  # 加载数据集
  data(RCircos.Heatmap.Data);
  
  # 设置热图数据
  data.col <- 6;
  # 设置第5个环形生成
  track.num <- 5;
  #设置在内侧的环形生成
  side <- "in";
  
  # 绘图
  RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col, track.num, side);

数据格式：

绘制：

绘制散点图

  # 添加散点图类型的环形 -------------------------------------------------------------
  # 加载数据集
  data(RCircos.Scatter.Data);
  
  # 设置散点纵坐标
  data.col <- 5;
  # 设置图形在第6个环形生成
  track.num <- 6;
  # 设置图形在内侧环形生成
  side <- "in"
  # 设置数据大于1的点以红色显示，小于数据1的点以蓝色显示
  by.fold <- 1;
  
  # 绘图
  RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col,track.num, side, by.fold);

数据格式：

绘制：

绘制折线图

数据格式：

绘制：

绘制直方图

  # 添加直方图类型的环形 --------------------------------------------------------------------
  # 加载内数据集
  data(RCircos.Histogram.Data);
  # 设置第4列为绘制数据
  data.col <- 4;
  # 设置在第7环绘制图形
  track.num <- 8;
  # 设置在内环绘制图形
  side <- "in";
  # 绘图
  RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data, data.col, track.num, side);

数据格式：

绘图：

绘制网络图

  # 添加网络图类型的环形 --------------------------------------------------------------------
  # 加载数据集
  data(RCircos.Tile.Data);
  # 设置图形在9环绘制
  track.num <- 9;
  # 设置图形在内环绘制
  side <- "in";
  # 绘图
  RCircos.Tile.Plot(RCircos.Tile.Data, track.num, side);

数据格式：

绘图：

添加和弦图

  # 添加一个或多个基因间的联系曲线 ----------------------------------------------------------
  # 加载数据集
  data(RCircos.Link.Data);
  # 设置图形在11环绘制
  track.num <- 11;
  # 绘图
  RCircos.Link.Plot(RCircos.Link.Data, track.num, TRUE);

数据格式：