miRNA-target序列比对结果展示

相信很多小伙伴在看miRNA相关的paper中都看到过如下图所示的miRNA成熟体序列和靶基因的序列比对结果。

那么这样的比对结果是怎么来的呢？我们知道很多miRNA-target之间的结合都是根据序列互补配对预测出来的，因此每一个结合位点都应该能得到一个类似于上图的比对结果。

前面小编也给大家介绍过miRNA与靶基因结合的几种方式，具体可以参考前面的文章

☞miRNA 靶向预测软件targetscan

☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇

其实这张示意图，就是miRNA-target序列比对结果示意图了。接下来小编给大家演示一下，怎么从公共数据库中获取这些序列比对的信息。

1.miRNA-mRNA

我们使用Targetscan这个数据库来获取miRNA-mRNA之间的序列比对图。

1.1 打开Targetscan数据库网站http://www.targetscan.org/vert_72/

输入要查找的miRNA或者基因名字。关于这个数据库的详细视频介绍可以参考

☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

1.2 找到感兴趣的基因，点击Sites in UTR

1.3 截图保存，miRNA-target序列比对信息

2.miRNA-lnRNA

我们使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-lncRNA之间的序列比对图。

ENCORI这个数据库我们前面已经做过了很详细的介绍

☞RNA相互作用神器——ENCORI

☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇

☞R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据

☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

2.1 打开ENCORI数据库，选择miRNA-lncRNA

2.2 输入感兴趣的miRNA的名字，点击搜索。就可以得到miRNA-lncRNA之间的序列比对图了。

3.miRNA-circRNA

我们同样使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-circRNA之间的序列比对图。

3.1 打开ENCORI数据库，选择miRNA-circRNA

3.2 输入感兴趣的miRNA的名字，点击搜索。就可以得到miRNA-circRNA之间的序列比对图了