circleplot展示GO富集分析结果

小编前面给大家介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞GO和KEGG富集分析视频讲解

小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍。如何使用DAVID做GO富集分析，并且给大家演示了如何使用Excel，零代码展示GO富集分析的结果。

1.基因富集工具DAVID介绍（一）-基因ID转换 2.基因富集工具DAVID介绍（四）-GO富集分析及柱形图展示

3.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG

4.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

5.【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果

6.展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路

今天小编在给大家介绍另外一种展示GO富集分析结果的图，circleplot。

这种图我们在paper中也经常看到，例如下面这篇新鲜出炉的文章。

这篇文章中的第一张图就是用circleplot来展示GO富集分析的结果。

下面我们来展示一下这张图是如何绘制出来的。

#安装GOplot包
BiocManager::install("GOplot")
#加载GOplot包
library(GOplot)

#加载数据
data(EC)

#创建一个pdf文件,用来保存circleplot
pdf(file="GO_circle_plot.pdf",width=12,height=10)
#创建circ对象，第一个参数为GO富集分析结果，第二个参数为差异表达分析结果
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)
#绘制circleplot图
GOCircle(circ)
dev.off()

打开GO_circle_plot.pdf就可以看到我们绘制的circleplot了

绘制这张图，我们需要准备两个输入文件。

1. GO富集分析结果，通过查看EC$david这个变量，我们来看看数据格式

关于如何做GO富集分析，可以参考下面这些文章

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞ 基因富集工具DAVID介绍（四）-GO富集分析及柱形图展示

2. 差异表达分析结果，通过查看EC$genelist这个变量，我们来看看数据格式

关于如何做差异表达分析，可以参考下面这些文章

☞ R代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞ GEO芯片数据差异表达分析