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KEGG富集分析一直报错,粉丝拯救了我!

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发布2022-09-21 19:19:37
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发布2022-09-21 19:19:37
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前面小编给大家介绍过

KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化

【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果

R绘制KEGG富集弦图

基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析

基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果

也通过一系列视频给大家讲解过

GO和KEGG富集分析视频讲解

DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

最近小编在用R的clusterProfiler这个包进行KEGG富集分析的时候,遇到了下面这个错误

最开始以为是网络问题,换了手机热点,还是报同样的错误。一怒之下,直接把这个包给删了,又通过BiocManager::install("clusterProfiler")重新安装了一遍,结果还是报同样的错误。

恰巧最近也有粉丝遇到了同样的问题,然后这位粉丝把这个问题解决了,还把解决方法也告诉我了,我亲测了一下,确实有效。独乐乐不如众乐乐,今天把解决方法分享给大家。这里要特别感谢这位叫光光的粉丝。

1. 其实也很简单。首先删掉你报错的这个clusterProfiler包。删除的方法可以用remove.packages()这个函数,跟install.packages()是相反的操作。

也可以直接到你R的安装路径下面,找到library这个文件夹,然后找到clusterProfiler文件夹,全部删掉。

2. 接下来到下面这个网址,去下载clusterProfiler的安装包

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html。注意,windows用户下载框出来的这个包。

3. 然后在R或这Rstudio里面从本地安装包,选择刚下载的那个压缩文件,进行安装。

R是这样的

Rstudio是这样的

4. 装好之后,还是原来的配方,又是熟悉的味道

具体如何使用这个包,这里就不再展开了,下面的视频里面讲的很清楚。

GO和KEGG富集分析视频讲解

DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

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原始发表:2022-06-08,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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