不同物种拼接练习

生信喵实验柴

发布于 2022-10-25 19:00:28

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发布于 2022-10-25 19:00:28

文章被收录于专栏：生信喵实验柴

今天举例的是拟南芥。

1 项目介绍

《High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell》

Nature Communication

文章地址：https://www.nature.com/articles/s41467-018-03016-2/

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/149997v1

拟南芥基因组文章

要求至少要低于 62 条，N50 长度超过 12.3 Mb。

Bionano 光学图谱数据：PRJNA390205

PacBio Sequel 测序数据：PRJEB23084

Oxford Nanopore MinION 数据：PRJEB21270

2 安装软件以及下载数据

文章中用到的案例脚本：https://github.com/fbemm/onefc-oneasm/wiki/Assembly-Generation

#3 数据：illumina+pacbio+nanopore

PRJEB21270:

#BioNano https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA390205

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA390205

esearch -db sra -query PRJEB21270 | efetch -format runinfo > runinfo.csv
cat runinfo.csv | cut -d , -f 1,10,19
Run,download_path,Platform
ERR2173371,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173371/ERR2173371.lite.1,PACBIO_SMRT
ERR2173372,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR217/3372/ERR2173372.sralite.1,ILLUMINA
ERR2173373,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173373/ERR2173373.lite.1,OXFORD_NANOPORE

wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173371/ERR2173371.lite.1 -O pacbio.sra
wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR217/3372/ERR2173372.sralite.1 -O illumina.sra
wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173373/ERR2173373.lite.1 -O nano.sra

fastq-dump nano.sra --gzip -O ./
conda activate nanoplot
#Arabidopsis thaliana参考序列下载
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/taxonomy/3702/

参考序列还可以去embl站点下载：https://www.ensembl.org/toplevel代表全部数据，没有做处理的，适用于rnaseq。

3 拼接基因组

echo "flye --nano-raw nanopore/ont.fq.gz --out-dir flye --genome-size 120m
--threads 12 --iterations 3 --scaffold " >flye.sh
#运行脚本
nohup sh flye.sh & #监控进程
jobs
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写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。