ubantu系统设置

一、ubuntu 系统介绍

Ubuntu 和 CentOS 都是非常优秀的 Linux 操作系统版本，都足够能完成我们工作和学习的需要，二者选择一个用来学习即可，如果时间足够，两个都了解一下也没问题。下面我们就分别来介绍一下这两个 Linux 世界最著名的 Linux 发行版本。

首先来看 Ubuntu，Ubuntu 中文叫做乌班图，是一个以桌面应用为主的 Linux 操作系统，其名称来自非洲南部祖鲁语或豪萨语的“ubuntu”一词，意思是“人性”、“我的存在是因为大家的存在”，是非洲传统的一种价值观，类似华人社会的“仁爱”思想。Ubuntu 的口号是“ Linux for Human Beings”，给人类使用的 Linux。这句话好像在说以前的 Linux 系统不是给正常人类使用的，这句话也没说错，因为之前的 linux 确实不是适合普通消费者使用的。是计算机极客们的最爱。Ubuntu 尝试将 linux 系统简化，适合普通用户使用。Ubuntu 基于 Debian 发行版和 GNOME 桌面环境，支持 x86、amd64 和 ppc 架构，而从 11.04 版起，Ubuntu 发行版放弃了 Gnome 桌面环境，改为 Unity 桌面，这就是 Ubutnu 的 Unity 界面。与 Debian 系统的不同点在于 Ubuntu 每 6 个月会发布一个新版本。Ubuntu 的目标在于为一般用户提供一个最新的、同时又相当稳定的主要由自由软件构建而成的操作系统。Ubuntu 具有庞大的社区力量，用户可以方便地从社区获得帮助。

二、apt 工具

ubuntu 系统可以采用 apt 工具进行系统配置，apt 是 Advanced Packaging Tool 的简称，是一个在 Debian 和 Ubuntu 中的 Shell 前端软件包管理器。类似于 centos 系统中的 yum 和dnf 命令。apt 命令提供了查找、安装、升级、删除某一个、一组甚至全部软件包的命令，而且命令简洁而又好记。并且 ubuntu 的软件源中自带很多生物软件。apt 还有图形化的synaptic 软件管理工具。apt 命令执行需要超级管理员 root 权限。

三、利用 apt 工具配置环境

apt install -y bwa
apt install -y samtools 
apt install -y bcftools
apt install -y blast2
apt install -y bedtools
apt install -y seqtk
apt install -y minimap2
apt install -y bowtie2
apt install -y phylip
apt install -y clustalx
apt install -y canu
apt install -y kraken2
apt install -y hisat2
apt install -y stringtie
apt install -y jellyfish
apt install -y circos
apt install -y nanopolish
apt install -y nanook
apt install -y centrifuge
apt install -y rna-star
apt install -y freebayes
apt install -y cnvkit
apt install -y spades
apt install -y mothur
apt install -y muscle
apt install -y mafft
apt install -y iqtree
apt install -y sniffles
apt install -y last-align
apt install -y augustus
apt install -y bamtools 
apt install -y bedops
apt install -y delly

cat /etc/apt/sources.list
查看apt源

这里和centos的yum源一样，显示的是腾讯云内部的地址，外部无法访问。

#与centos（useradd）不同的是添加用户是adduser
adduser --home /ifs1/User/test1 --shell /bin/bash test1

写在最后：有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。

sx.voiceclouds.cn

有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。