搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）
搭建自己的本地云平台，QIIME2图形界面玩转16S分析（WSL2+Docker+Galaxy qiime2）
之前分享过一个 qiime2 studio 图形界面的笔记(QIIME2图形界面版（Q2STUDIO）），是 qiime2 团队自己造的轮子，不过最近 qiime2 团队好像转向了利用 galaxy 轮子QIIME 2 2021.4 发布（qiime2 支持 galaxy 啦），还把官方的宣传和安装视频转载到过公众号，不过之前没有加字幕，看起来还是有点困难的，重新加了中英文字幕并校对了下。
http://mpvideo.qpic.cn/0b2ecuabcaaawyai73e5uvrfafodcekqaeia.f10002.mp4?
今天分享一下如何使用我们每天用的 windows 电脑搭建一个 qiime2 galaxy 的环境，愉快地进行 16S 的数据分析，和官方的略有区别，不过殊途同归啦！什么，你用 Mac，那更简单啦，安装个 docker 客户端，直接走起啦！
安装 WSL2
注意，一定要是 WSL2，因为版本 1 是不支持 Docker 的。Windows Docker 行不行呀？可以的，前提你得是旗舰版的操作系统，相信我们多数同学的电脑是家庭版的啦。P.S.如果你之前装了旧版本的 WSL 又不想删除，没关系的，两个版本可以共存的，好啦，开始吧！有哥们已经写好了安装的教程，这里我直接转载下吧！win10 下同时使用 wsl1 和 wsl2 子系统，提升开发效率 (icode9.com)[1]
打开 Ubuntu 18.04.5 on Windows，恭喜，完成了第一步！
红框所示，完成这一系列操作，你就得到一个标准的 WSL2 啦！我装的是 Ubuntu 18.05，稳定的不能再稳定的版本。
lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 18.04.5 LTS
Release: 18.04
Codename: bionic
或许会遇到默认软件源在国外，下载安装软件速度慢的问题，换镜像可破。
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bcakup
sudo vim /etc/apt/sources.list
# 键盘输入以下，删除原有内容
d99d
# 要粘贴的内容如下
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
# 按ESC键退出编辑模式，键盘输入以下就可以保存啦！
:wq
安装 Docker
不考虑 docker 版本新不新，能用就好的话，一条命令就解决啦！当然你也可以安装使用 WSL2 中的 Docker 守护进程的桌面管理程序，见这：WSL2 + Docker + xfce4 安装及使用\_笔上烽烟的博客-CSDN 博客\_docker wsl2[2]
# 安装Docker
sudo apt update
curl https://get.docker.com | sh
docker -v
Docker version 20.10.7, build 20.10.7-0ubuntu5~18.04.3
sudo service docker start
安装 q2 galaxy
sudo docker pull quay.io/qiime2/q2galaxy
# 运行
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 -v $HOME/q2galaxy_data/:/export/ quay.io/qiime2/q2galaxy
初次运行，应该是有一个初始化的过程，等上几分钟，看进程运行起来，CPU 占用率有所上升，就可以打开浏览器http://localhost:8080[3]愉快地使用啦！
不像之前印象中的 galaxy（界面像十几年前的），现在的版本视觉元素有了一些现代化的感觉呢，一些公司的云平台也是基于 galaxy 的吧！文件都存储在你的 linux 子系统家目录下的 q2galaxy_data，如果没有这个文件夹会自动创建的。
空间占用还是不小的，如果你的 C 盘不大，还是要注意些的，当然现在许多电脑已经不分盘啦，直接 512G 的 C 盘。
开始学习起来吧！如有问题，欢迎交流，在我时间允许情况下，愿意义务帮忙！
参考资料
[1]win10下同时使用wsl1 和wsl2 子系统，提升开发效率 (icode9.com): https://www.icode9.com/content-4-1373030.html
[2]WSL2 + Docker + xfce4安装及使用_笔上烽烟的博客-CSDN博客_docker wsl2: https://blog.csdn.net/qq_38856939/article/details/116528514
[3]http://localhost:8080: http://localhost:8080
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