有多少小伙伴和我一样,一直期盼着Qiime2更新的,在月末,qiime2新版本终于发布啦!小编敲黑板:
QIIME 2 2022.8版本现已发布!感谢所有参与者的辛勤工作!
提醒一下,我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年11月(QIIME 2 2022.11)发布,但请继续关注更新。
查看qiime2 2 2022.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请在QIIME 2论坛上与我们联系!
虚拟机内部版本将在下周的某个时候推出 - 请看本主题以获取更新!
-c conda-forge -c bioconda \
-c https://packages.qiime2.org/qiime2/2022.8/passed/community/ \
qiime2-community
如果您是开发人员,并且希望看到您的插件添加到社区发行版中,请与我们联系!这是我们这个项目的目标 - 在一个地方分发我们所有的社区插件
blast + vsearch
比对器从共识分类步骤中分离出来。现在,我们有了用于数据库搜索的薄包装器,以及用于从BLAST6Format搜索结果生成共识注释的单独操作。classify-consensus-*
方法现在是流程,将上面提到的单独操作链接在一起classify-consensus-*
以下是该版本的亮点:
typing.Union``typing
setChoices
demux-paired--p-cores
allowOneOffrunBimeraDenovo()True
时,允许用户在 bimera(dada2术语,不太理解) 检测中允许一个不匹配或插入缺失qiime demux emp-single
group_timepoints
**:基于离散时间点上的指定组数据,生成用于统计计算的时间点和参考分布。此方法同时支持 alpha 和 beta 多样性数据。engraftment pipeline
**:将组时间点应用于粪便微生物群移植数据,然后在α或β多样性指标上应用统计测试(Wilcoxon符号等级测试或Mann-Whitney U测试)以评估移植成功。pairwise-distancespairwise-distances
我们已完成将工具上传到银河工具棚[18]!
您可以通过搜索`suite_qiime2_core`[19],或者您可以单独安装每个插件套件。也可以将每个操作安装为自己的工具。我们将使用我们的友好助手上传这些工具,因此,如果您在工具棚上看到它们,那就是我们!
请注意,安装完整核心发行版需要一些时间,因此请耐心等待。此外,这些工具需要您的 Galaxy 部署来支持 Docker 容器。这是获得QIIME 2可用的第一步。将来,我们也可能支持conda(通过bioconda渠道)。
[1]qiime2 2 2022.8 文档: https://docs.qiime2.org/2022.8/
[2]q2galaxy: https://github.com/qiime2/q2galaxy
[3]用于 QIIME 2 操作的工具棚存储库: https://github.com/qiime2/galaxy-tools
[4]galaxy工具棚: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
[5]q2-特征分类器: https://github.com/qiime2/q2-feature-classifier
[6]q2studio: https://github.com/qiime2/q2studio
[7]QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2
[8]q2-cutadapt: https://github.com/qiime2/q2-cutadapt
[9]q2-dada2: https://github.com/qiime2/q2-dada2
[10]q2-demux: https://github.com/qiime2/q2-demux
[11]q2-diversity: https://github.com/qiime2/q2-diversity
[12]q2-diversity-lib: https://github.com/qiime2/q2-diversity-lib
[13]q2-FMT: https://github.com/qiime2/q2-fmt
[14]q2-longitudinal: https://github.com/qiime2/q2-longitudinal
[15]q2 元数据: https://github.com/qiime2/q2-metadata
[16]q2-stats: https://github.com/qiime2/q2-stats
[17]q2 类型: https://github.com/qiime2/q2-types
[18]银河工具棚: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/
[19]suite_qiime2_core
: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?repository_id=d256b91a26ac697f