QIIME2 2022.8来啦

有多少小伙伴和我一样，一直期盼着Qiime2更新的，在月末，qiime2新版本终于发布啦！小编敲黑板：

• 1.Galaxy版本22.05中得到正式支持，同时q2studio被弃用（放弃造轮子啦！）
• 2.从BLAST6Format搜索结果生成共识注释
• 3.大大加快了样本数据拆分的速度
• 4.社区开发版提供了分析粪便微生物群移植的新功能
• 5.改进了Alpha 多样性指标的计算方式,RAM使用下降

QIIME 2 2022.8版本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！

提醒一下，我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年11月（QIIME 2 2022.11）发布，但请继续关注更新。

查看qiime2 2 2022.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请在QIIME 2论坛上与我们联系！

虚拟机内部版本将在下周的某个时候推出 - 请看本主题以获取更新！

激动人心的公告！

社区版

• 新增功能！在我们不断努力支持插件开发人员和QIIME社区（双关语）的过程中，我们在我们的基础设施中添加了一个新的发行版，其中包括所有活跃的，当前维护的社区插件，这允许所有这些插件进行定期的集成测试，以便我们可以快速分类和调试由于依赖冲突或其他不可预见的问题,而可能出现的任何问题！小编警告：beta测试，如果求稳定暂时不要用这个！
• 请注意，我们仍在对这个发行版进行beta测试，所以没有正式的版本，但我们想与大家分享这个令人兴奋的消息，要安装，只需运行以下命令：

      -c conda-forge -c bioconda \
      -c https://packages.qiime2.org/qiime2/2022.8/passed/community/ \
      qiime2-community

如果您是开发人员，并且希望看到您的插件添加到社区发行版中，请与我们联系！这是我们这个项目的目标 - 在一个地方分发我们所有的社区插件

• q2galaxy[2]
  • 新增功能！我们非常高兴地宣布QIIME 2现已在Galaxy版本22.05中得到正式支持，该版本现已推出！这意味着您可以上传QIIME 2工件/可视化，Galaxy将识别我们的文件格式，这不包括任何QIIME 2操作，这是下一个令人兴奋的公告。
  • 我们现在有一个星系用于 QIIME 2 操作的工具棚存储库[3]任何运行版本22.05的Galaxy实例都可以使用，该实例支持Docker。这使得将最新的QIIME 2版本直接从官方直接安装到您的Galaxy服务器中变得容易galaxy工具棚[4]

重大更改

• q2-特征分类器[5] 完成了大型重构以提高可读性和效率，其中包括以下新功能：
  1. 将 blast + vsearch 比对器从共识分类步骤中分离出来。现在，我们有了用于数据库搜索的薄包装器，以及用于从BLAST6Format搜索结果生成共识注释的单独操作。
  2. classify-consensus-*方法现在是流程，将上面提到的单独操作链接在一起
  3. 搜索结果作为流程的一部分输出，以便于事后分析classify-consensus-*
  4. 新增 + 改进的单元测试
• q2studio[6]
  • 弃用通知：q2studio 将从我们的用户文档中删除，并且在 2022.11 版本发布后将不再维护。它正在逐步淘汰，并将被完全支持的q2galaxy版本所取代！

以下是该版本的亮点：

• QIIME 2 Framework[7]
  • 添加了对所有 INSDC 缺失值的支持，以便在 QIIME 2 元数据中将其作为 NULL 进行处理
  • 这样的类型的能力，这将使配对测序数据可视化更简单typing.Union``typing
  • 修复了插件开发人员长期以来的烦恼，允许字典被注册输出！ 此外，还为提供的 s 添加了排序功能，以便缓存这些类型的接口将保持一致的排序。setChoices
• q2-cutadapt[8]
  • 通过参数添加了多核支持，这根据所选内核的数量大大加快了解复用器的速度！demux-paired--p-cores
• q2-dada2[9]
  • 在 q2-dada2 中提交了一个巨大的重构，将所有 R 脚本合并到一个文件中，用于单个、配对端和 ccs 读取 - 以便于阅读并减少代码重复！
  • 在方法中设置了参数，当设置为allowOneOffrunBimeraDenovo()True时，允许用户在 bimera(dada2术语，不太理解) 检测中允许一个不匹配或插入缺失
• q2-demux[10]
  • 为运行时的元数据文件处理添加了更简洁的错误处理，以包括发生任何 metadata.tsv（或 sequences.qza）错误的特定列qiime demux emp-single
• q2-diversity[11]
  • 增加了对亚采样的支持，并在系统发育核心指标中进行了替换，这对于每个样本通常有超过1M的宏基因组研究非常有用
  • 更新了引文，并为许多其他引文添加了 DOI 字段
• q2-diversity-lib[12]
  • 添加了一些关于Faith的系统发育多样性，观察到的特征，Pielou的均匀性和香农熵的使用API示例
  • 为新的UniFrac添加了新的引用，并优化了Faith的PD论文
  • 改进了Alpha 多样性指标的计算方式。现在，这些计算可以直接从稀疏数据进行，也可以对分区进行操作，以最大限度地减少密集转换时使用的内存。
• q2-FMT[13]（在社区发行版中作为测试版提供）
  • 新增功能！开发者，此插件提供了分析粪便微生物群移植 目前支持的方法如下：
  1. **group_timepoints**：基于离散时间点上的指定组数据，生成用于统计计算的时间点和参考分布。此方法同时支持 alpha 和 beta 多样性数据。
  2. **engraftment pipeline**：将组时间点应用于粪便微生物群移植数据，然后在α或β多样性指标上应用统计测试（Wilcoxon符号等级测试或Mann-Whitney U测试）以评估移植成功。
• q2-longitudinal[14]
  • 修复了一个bug，如果元数据中的样本（而不是数据）缺少组数据，则会引起错误。数据中不存在的样本（例如，alpha 多样性向量或距离矩阵），它们不会包含在分析中，因此缺失的组数据与这些样本无关。pairwise-distancespairwise-distances
• q2 元数据[15]
  • 添加了支持生成随机元数据组的操作。这允许用户通过对实际元数据列中的值进行随机排序来创建一个或多个示例元数据列。随机排列的元数据列可用于评估对相应实际元数据列的分析是产生感兴趣的信号还是应被视为噪声。例如，如果差异分析丰度检验使用实际元数据列标识 10 个感兴趣的特征，并使用该列的随机变体标识 5-15 个感兴趣的特征，则实际检验结果可能被视为不可靠。
• q2-stats[16]（在社区发行版中作为测试版提供）
  • 新增功能！目前正在开发中此插件提供了可用于各种不同数据的统计工具，方法和可视化工具。
• q2 类型[17]
  • 添加了一个转换器，允许将 BLAST6Format 数据转换为 QIIME 2 元数据

文档：

• 发布了有关以下内容的新开发人员教程：
  • 如何使用库发布插件
  • 我们的包装基础设施概述
• 发布了有关使用 API 以及如何编写基本使用示例的新开发人员教程
• 在工件 API 上发布了新的用户教程

我们已完成将工具上传到银河工具棚[18]!

您可以通过搜索`suite_qiime2_core`[19]，或者您可以单独安装每个插件套件。也可以将每个操作安装为自己的工具。我们将使用我们的友好助手上传这些工具，因此，如果您在工具棚上看到它们，那就是我们！

请注意，安装完整核心发行版需要一些时间，因此请耐心等待。此外，这些工具需要您的 Galaxy 部署来支持 Docker 容器。这是获得QIIME 2可用的第一步。将来，我们也可能支持conda（通过bioconda渠道）。

参考资料

[1]qiime2 2 2022.8 文档: https://docs.qiime2.org/2022.8/

[2]q2galaxy: https://github.com/qiime2/q2galaxy

[3]用于 QIIME 2 操作的工具棚存储库: https://github.com/qiime2/galaxy-tools

[4]galaxy工具棚: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/

[5]q2-特征分类器: https://github.com/qiime2/q2-feature-classifier

[6]q2studio: https://github.com/qiime2/q2studio

[7]QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2

[8]q2-cutadapt: https://github.com/qiime2/q2-cutadapt

[9]q2-dada2: https://github.com/qiime2/q2-dada2

[10]q2-demux: https://github.com/qiime2/q2-demux

[11]q2-diversity: https://github.com/qiime2/q2-diversity

[12]q2-diversity-lib: https://github.com/qiime2/q2-diversity-lib

[13]q2-FMT: https://github.com/qiime2/q2-fmt

[14]q2-longitudinal: https://github.com/qiime2/q2-longitudinal

[15]q2 元数据: https://github.com/qiime2/q2-metadata

[16]q2-stats: https://github.com/qiime2/q2-stats

[17]q2 类型: https://github.com/qiime2/q2-types

[18]银河工具棚: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/

[19]suite_qiime2_core: https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?repository_id=d256b91a26ac697f