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生物信息学中保存键值对的最佳实践

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简说基因
发布2022-11-11 16:22:36
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发布2022-11-11 16:22:36
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文章被收录于专栏:简说基因

本文简要介绍一下生物信息学中保存键值对的最佳实践。

键值对是常见的一种数据结构:Python 中的字典,Perl 中是 Hash 等。如何将键值对保存到文件中,除了序列化方法,如 Python 的 pickle 模块,常见的还有保存为 INI、json 或 YAML 文件。

我的最佳实践是:

数据结构比较简单的情况下,用 json 或 YAML,如果比较复杂,使用更优雅和强大的 YAMl 格式。

先看一个 json 文件,长下面这样:

代码语言:javascript
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{
    "parameters": [
    { "name":"baidu" , "url":"www.baidu.com" }, 
    { "name":"google" , "url":"www.google.com" }, 
    ]
}

同样的内容,YAML 格式为:

代码语言:javascript
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parameters:
- name: baidu
  url: www.baidu.com
- name: google
  url: www.google.com

可以看到,json 更严谨,但略显繁琐,没有 YAML 简洁优雅。这里简要介绍一下 YAML 文件格式。

基本语法

  • 大小写敏感
  • 使用缩进表示层级关系
  • 缩进不允许使用tab,只允许空格
  • 缩进的空格数不重要,只要相同层级的元素左对齐即可
  • '#'表示注释

键和值不需要分别使用引号,以及允许'#'表示注释,是 YAML 与 json 的两个非常不一样的点,这使得 YAML 更为优雅和强大。

数据类型

YAML 支持 3 种基本的数据类型:

  • 对象:键值对的集合,又称为映射(mapping)/ 哈希(hashes) / 字典(dictionary)
  • 数组:一组按次序排列的值,又称为序列(sequence) / 列表(list)
  • 标量:单个的、不可再分的值

对象示例:

代码语言:javascript
复制
name: baidu

键之后是一个“:”号,然后一个英文空格,接着是值。

数组示例:

代码语言:javascript
复制
Person:
- one
- two
- three

这跟 Markdown 语法的列表一样:每行一条记录,每条记录以一个减号“-”开头,接着是一个空格,然后是记录内容。

标量示例:

代码语言:javascript
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cpu: 1
mem: 4

基本的,不可再分割的值就是标量,如 cpu 后面的 1,可以表示 1 条线程,mem 后面的 4,可以表示 4G 内存。

当然,由基本的数据类型可以组成复杂的数据类型,本文不展开说。

写在最后

用 INI 保存键值对感觉存在于远古时代,改用 json 或 YAML 吧。

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原始发表:2022-08-16,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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