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全栈程序员站长

发布于 2022-11-15 18:03:31

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发布于 2022-11-15 18:03:31

文章被收录于专栏：全栈程序员必看

人鼠基因转换之首字母大写

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首字母大小写转换但是有个问题，并不是所有的同源基因只是简单的首字母大小写配对的。

#改进版本
human_gene <- c("PTPRC", "EPCAM", "MME", "CD3G", "CD3E", "CD68", "CD79A", "RP11-34P13.8") #若干人类基因
upper_low  <- function(var) { 
   
  var = tolower(var)
  first_letter = toupper( substr(var ,1 ,1) )
  word = paste0(first_letter ,substring(var ,2 ))
  return(word)
}
mouse_gene = sapply(human_gene, upper_low)

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2.在R包homologene里有张基因对应表同时已经有可以转换的代码可用 homologene(genes, inTax, outTax) genes：需要查找同源基因的基因列表 inTax：输入基因所属物种 outTax：查找的同源基因属于那个物种

3.NCBI homologene 有四万多对同源基因的对应表；简书链接附上 https://www.jianshu.com/p/877d6f3cc799?ivk_sa=1024320u

4.R包 biomart转换

hsa2mus_all <- getLDS(attributes = c("hgnc_symbol"),
                filters = "hgnc_symbol",
                values = hsaGeneInfo$symbol,
                mart = human,
                attributesL = c("mgi_symbol"),
                martL = mouse,uniqueRows = T)
head(hsa2mus_all)
length(hsaGeneInfo$symbol)
nrow(hsa2mus_all)

5.ensymble实现 https://www.ensembl.info/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-genes-between-two-species/

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原始发表：2022年10月31日，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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